DNA塩基配列の「相同性」？

ある生物のある遺伝子のDNA塩基配列があり、既知の生物種の配列と「99％以上の確率で相同性を示した」（ので同じ生物種か極めて近縁の種である）と書いてある場合、具体的にはどのような計算をしているのでしょうか？

例えば、長さ900塩基のうち、調べたい配列と既知の配列が892個は一致していたとします。この場合は99.1%の一致率（同一性？）ですが、「相同性」ということとは違いますか？文献をみていると、塩基が99.1%で一致していたことを「塩基配列で99.1%のホモロジーであった」と書いてあるものがあったのですが、ホモロジー・相同性とはそういう用語なのでしょうか？「相同性は質的性質（ある/なし）である」という説明も見たことがあって、そうすると単純なパーセンテージで示せないと思うのですが…。

よろしくお願いします。

No.1 ベストアンサー 回答者： thaliana 回答日時： 2012/09/29 22:11

● 99％以上の確率で相同性を示した

というのは、おそらく、ある配列Ａに類似した配列をデータベースの中を検索し、その結果見つかった既知の生物種の配列Ａ’が、配列Aと偶然一致する確率が 0.01よりも小さいことを意味しています。この場合の確率というのは、あるデータベースを検索した時の結果を評価する値です。具体的にどのような計算をしているのかは、私はよく知りません。以下の参照URLの Expect (E) valueについて調べることは、参考になるかもしれません。

●長さ900塩基のうち、調べたい配列と既知の配列が892個は一致していた
というのは、二つの配列間（ＡとＡ’）の関係についてだけ、述べています（データベースの検索結果とは関係なく）。二つの配列を比べた時、塩基配列間で99.1%が一致しており、これらは配列類似性が高いという使い方をしますね。

●相同性は質的性質（ある/なし）
二つの遺伝子が「相同である」というのは、二つの遺伝子が「共通の遺伝子から派生している」という意味です。共通遺伝子から派生した遺伝子群は、配列類似性が高い場合が多いですが、その逆は言えません。つまり、二つの遺伝子間の配列類似性が高くても、共通遺伝子から派生した遺伝子（相同性である）とは限りません。配列類似性が高くても、別々の独立した遺伝子からそれぞれが派生した場合もありえます。

参考URL：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web& …

この回答へのお礼

回答ありがとうございます。
やはり統計的な処理を経て言っているのですね。あまり得意な分野ではないですが、教えていただいたサイトなどを読み、勉強してみます。

お礼日時：2012/10/04 21:48