遺伝学の授業でDNAを構成するヌクレオチド数の計算について教わったのですが,テキストではドルトン数が650のところ,計算では615を使用しないと誤差が出てしまう,と習いました。この誤差はどこから発生するのですか?

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A 回答 (2件)

(あ!またrei00さんだ...)


失礼しました.rei00さんに補足します.

DNAを業者から購入すると,分子量が615で計算したよりも大きな数字で記載されていることがあります.これは,DNAをNa塩として考えるからです.

DNAは通常の方法で抽出してくると,Na塩として得られます.ヌクレオチドとヌクレオチドの結合はリン酸基と糖の5'位の水酸基で形成されますが,リン酸基の2つの酸素のうち1つは水溶液中ではO<SUP>-</SUP>であり,抽出時には酢酸ナトリウムを加えることでNa塩となっています(酢酸アンモニウムを加えてアンモニウム塩となっている場合もあります)

業者からDNAを購入するときは,Na塩として精製し出荷することが多いので,615にNaを2個分加えた「661.5」で計算されているのでしょう.

質問の本質からずれていますね.ごめんなさい.
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この回答へのお礼

そういえば確かにNa塩って書いてありました。あれはこういうことなんですね。その講義の先生は答えが2つあるといってたのでcourregesさんとrei00サンの答えでおそらく解決でしょう。本当に有難うございました。

お礼日時:2001/05/21 22:53

正確な所は分かりませんが,おそらくヌクレオチド鎖形成時の脱水を計算に入れてられると思います。

つまり,次の様な事です。

650という数字はヌクレオチド単体の平均分子量の2倍だと思います。何故,2倍を使うかというと,ヌクレオチド鎖は対になって存在するからです。

ここで,ヌクレオチド単体から DNA を構成するには,各ヌクレオチドが脱水縮合する必要があります。この段階で脱水分の36(18の2倍)を引かなければいけないと,その先生は主張されているのだと思います。

で,36引くと614なのに,何故615かというのは,おそらく元の650自身が平均分子量なので,半端な614でなく,切りがよい615とおっしゃったと思います。
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この回答へのお礼

なるほど、簡単には計算できないのですね。奥が深ーいんですねぇ。わかりやすい回答有難うございました。

お礼日時:2001/05/18 18:37

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Qトリヌクレオチドとは

来月に後期試験をひかえています大1生です。生化学の昨年の試験問題を先輩からいただき解いていたのですがわからない問題があります。

「トリヌクレオチドを図示せよ」という問題です。ヌクレオチドじたい、生化学の最初で習う事項なのですが、ちょうど講義ノート(ルーズリーフ)をなくしてしまっており、ノートを参考にできません。教科書の索引を見ても、トリヌクレオチドというものはなく、何を参考にすればわかりません。
私は生物系の学部なのですが、高校では生物は得意でしたが化学(特に有機)は苦手です。その中でも化学式の構造を書いたりや命名するのが特に苦手で…。

この問題の場合、トリヌクレオチドの構造式を書けばよいのでしょうか。ヌクレオチドがリン酸・糖・塩基からなる鎖状の分子化合物というのは理解しております。しかしトリヌクレオチドとなると…“トリ”だからヌクレオチドが3つ結合したものでしょうか。でもヌクレオチドって、アデニンとかの塩基がいろいろありますよね?これは無視してもいいのですか?

…なんだか混乱してしまいました。そもそもトリヌクレオチドって何なのでしょう。ヌクレオチドじたいは、ATPとかも含まれるヌクレオシド+リン酸基の化合物の総称ですよね?ということはトリヌクレオチドも何かのグループの総称なのでしょうか…。

アミノ酸やタンパク質あたりに必死になっていたら、基本的な糖鎖や塩基配列あたりがわからなくなってしまいました。

とりあえずお聞きしたいのは
・トリヌクレオチドとは何か
・「図示せよ」は「構造式を書け」なのか

です。よろしくお願いします。

来月に後期試験をひかえています大1生です。生化学の昨年の試験問題を先輩からいただき解いていたのですがわからない問題があります。

「トリヌクレオチドを図示せよ」という問題です。ヌクレオチドじたい、生化学の最初で習う事項なのですが、ちょうど講義ノート(ルーズリーフ)をなくしてしまっており、ノートを参考にできません。教科書の索引を見ても、トリヌクレオチドというものはなく、何を参考にすればわかりません。
私は生物系の学部なのですが、高校では生物は得意でしたが化学(特に有機)は苦手で...続きを読む

Aベストアンサー

トリヌクレオチドは、質問者さんがおっしゃっているとおり、3つのヌクレオチドが結合したものです。

また、塩基は関係ありません。
書くとしたら、一般で気にBaseと書くのがよいと思います。

1番さんがおっしゃるように、Trinucleotideで検索すれば、かなりひっかります。
もうすぐ大学のテスト時期ですが、健闘を祈ります。

Q遺伝学で Allelic with ,,,の意味は

生物好きの素人です。

先天的な奇形の話で、○○症候群は、□□症候群とAllelic であるという文がありました。 
## Syndrome is------- Allelic with $$ syndrome (103285), && malformation (605289), とか書かれています。
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Allelic with ,,,の意味を教えてください。

Aベストアンサー

二つの遺伝疾患の原因が、同一の遺伝子の異なるタイプの異常であるということです。

Alleleは一応正式な訳語では「対立遺伝子」ということになっていますが、字面で理解しようとすると誤解を招くかもしれません。原意はともかく、現在では同じ遺伝子の異なるタイプ、異なるタイプの異常をalleleいいます。
むかしむかしは、遺伝子のタイプ、すなわちalleleは野生型(正常型)の形質を示すものに対して、ある突然変異型の形質をしめすもの、あるいはエンドウマメの丸型対しわ型、緑色対黄色のように二元論的に捉えられていました。

しかし、実際は同じ遺伝子にも多数のタイプ、異なる突然変異型が存在しうるもので、異なる突然変異型が異なる突然変異形質を示すこともあることが常識となっています。

Qオリゴヌクレオチドとは

「ヌクレオチド」が意味するものは分かるのですが、
「オリゴヌクレオチド」の意味がわかりません。

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オリゴは小を意味する接頭語です。
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です。

オリゴヌクレオチドとポリヌクレオチドの境界は明確には決まっていません。

Q遺伝子が転写されるときにRNAヌクレオチドはどのようにしてDNAに寄ってくるのでしょうか?

遺伝子が転写されるときにRNAヌクレオチドはどのようにしてDNAに寄ってくるのでしょうか?
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DNAはスーパーソレノイド状態でタンパク質に巻き付いていますが、外部から該当するポリペプチドが必要とされる信号を受けると、ソレノイドがほどけます。ほどけたDNAの周囲にはRNAポリメラーゼとtRNA群が大きな塊になって控えているのですが、なぜRNAポリメラーゼの周りにtRNAが集まって来るのかまでは私には説明出来ません、大学の教養レベルの知識になります。ほとんど図ばかりですから、大きな書店で「ポリペプチドの合成」というような本を探して下さい。

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プリンヌクレオチドについて質問です

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Aベストアンサー

一応、こんなとこでしょう↓

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%97%E3%83%AA%E3%83%B3%E5%A1%A9%E5%9F%BA

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Aベストアンサー

1.です。

生物の仕組みを、DNA、RNA、蛋白質といった分子的なレベルに
基づいて理解しようと言う学問が「分子生物学」です。
一方、生物(主に分子生物学)にかかわる情報を、コンピューターの
力を利用して解析し、意味を見出す、または、分子生物学の
実験を進めるための助けにしようというのが、
「バイオインフォマティクス」といわれる学問です。

従って、ゲノム配列情報を扱う技術そのものは、
バイオインフォマティクスですが、扱っているものの
意味を理解するためには、分子生物学の素養は必須でしょう。

分子生物学の教科書としては、「細胞の分子生物学」(教育社)
がお勧めです。ただし、非常にボリュームもありますが。
現在、原書(Molecular Biology of the Cell)の4版が
でていますが、日本語版は、ちょうど3版が品切れに
なっているようなので、間もなく4版がでることでしょう。
そのほかには、類書として、「分子細胞生物学」(東京化学同人)
もいいかもしれません。
ちょっととっつきがたい、と言う場合は、細胞の分子生物学の
初心者向けバージョンである、「Essential細胞生物学」(南江堂)
もいいかもしれません。
いずれにせよ、細胞の成りたちと遺伝子発現の仕組みに
ついてきちんと理解しておくことは、一般教養として
以上にこの分野に関わるのであれば必須なことでしょう。

バイオインフォマティクスについては、本当にたくさんの
入門書がでていますので、どれがいいとは一概には言い切れません。
が、とりあえずのとっかかりとしては、
「初心者でも分かる!バイオインフォマティクス」(羊土社)
あたりを読まれてみてもいいのでは無いかと思います。
また、配列解析の仕組みから勉強したいのであれば、
「バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ」
(メディカル・サイエンス・インターナショナル)
が、分厚くて高いですが、お勧めです。

一度、amazon.co.jp辺りで「分子生物学」「バイオインフォマティクス」
で検索してみることもお勧めします。

1.です。

生物の仕組みを、DNA、RNA、蛋白質といった分子的なレベルに
基づいて理解しようと言う学問が「分子生物学」です。
一方、生物(主に分子生物学)にかかわる情報を、コンピューターの
力を利用して解析し、意味を見出す、または、分子生物学の
実験を進めるための助けにしようというのが、
「バイオインフォマティクス」といわれる学問です。

従って、ゲノム配列情報を扱う技術そのものは、
バイオインフォマティクスですが、扱っているものの
意味を理解するためには、分子生物学の素養は必...続きを読む

Q染色体・DNA・ゲノム・遺伝子・ポリヌクレオチドの違い

タイトル通りです。染色体とDNAとゲノムと遺伝子とポリヌクレオチドの違いがはっきりしません。これらの違いを明確に教えてください。お願いします。

Aベストアンサー

まず、遺伝子については
http://web.wtez.net/n/s/ns54007/gene/DNA.html
を見ていただくとしましょう。
それで、まずちっちゃい方からいきますと、ヌクレオチドがありますね。

で、A(アデニン)、T(チミン)C(シトシン)、G(グアニン)があり、いろいろな順番でいっぱいつながってポリマーになったのがポリヌクレオチドですね。まあ、2コ~30コくらいつながったものは、オリゴヌクレオチドと呼ばれます。
それで、このヌクレオチドのつながる順番の違いで遺伝情報が変化しますので、オリゴ(ポリ)ヌクレオチド=遺伝子でしょうね。

で、次にこのポリヌクレオチドが塩基対をつくって2重らせん構造になったのがDNA(デオキシリボ核酸)です。

で、一番おおきいのが、このDNAが束になったのが染色体です。
束の構造ですが、、、、たとえば、人のDNAはすごーく長いヒモと考えてください。このヒモを2つに折り曲げて、雑巾をしぼるようにねじります。これはソレノイドと呼ばれます。この長いソレノイドをまた二つに折り曲げてねじったものがスーパーソレノイドと呼ばれるもので、このようにDNAが折り曲げられてねじられて束になったものが染色体です。

こんのところでよろしいでしょうか?^^。

まず、遺伝子については
http://web.wtez.net/n/s/ns54007/gene/DNA.html
を見ていただくとしましょう。
それで、まずちっちゃい方からいきますと、ヌクレオチドがありますね。

で、A(アデニン)、T(チミン)C(シトシン)、G(グアニン)があり、いろいろな順番でいっぱいつながってポリマーになったのがポリヌクレオチドですね。まあ、2コ~30コくらいつながったものは、オリゴヌクレオチドと呼ばれます。
それで、このヌクレオチドのつながる順番の違いで遺伝情報が変化しますので、オリゴ(ポ...続きを読む

QDNA修復機構の勉強をしていて、DNAグリコシダーゼとDNAグリコシラ

DNA修復機構の勉強をしていて、DNAグリコシダーゼとDNAグリコシラーゼの違いがわからなくて困ってます。
調べていると両者とも同じものじゃないかと思えてきましたが、アミラーゼとアミレイスのように同じ綴りで発音が違うわけではなさそうです。

誰かご存知の方がいらっしゃいましたら助けてください!

Aベストアンサー

「ご存知の方」じゃないけど, ちょっと調べた限りでは同じもの.
どちらも EC3.2.2 のグループ.

参考URL:http://science.jrank.org/pages/29019/%28DNA%29-glycosylase-or-DNA-glycosidase.html

Qヌクレオチドと、ATPの違いを教えてください!

ヌクレオチドと、ATPの違いを教えてください!

Aベストアンサー

ヌクレオチドはリン酸と糖と塩基が結合しているもの。

このうち糖がリボースだとRNA,デオキシリボースだとDNA。

また塩基がアデニンだと,リン酸の数によりATP,ADP,AMPに分けられる。
ATP(アデノシン3リン酸):リン酸3個
ADP(アデノシン2リン酸):リン酸2個
AMP(アデノシン1リン酸):リン酸1個

生物の活動エネルギーはATP→ADPに変化する時のエネルギーしか使え無い。

今在るATPを使って歩ける距離:3m トイレにも行けない。

3mでは困るので、クレアチリン酸サイクルでADPをATPに戻します。
これで歩ける距離:30m 外出は無理

外出できないと困るので、今度はグリコーゲンを使用します。
グリコーゲンが乳酸にまで分解する時のエネルギーでATPを再合成します。
これで歩ける距離:350m
近くのコンビニまで行けるが帰って来れない。

帰って来れないと困るので、酸素を使って、グリコーゲンが分解されたピルビン酸の一部がをアセチルcoaにして、エネルギーを出し、ATPを再合成

少し遅れて脂肪が脂肪酸回路から、アセチルcoaとなり以降上と同じサイクルに入りATPを再合成。

これで歩ける距離=無限。ヤレヤレ

ヌクレオチドはリン酸と糖と塩基が結合しているもの。

このうち糖がリボースだとRNA,デオキシリボースだとDNA。

また塩基がアデニンだと,リン酸の数によりATP,ADP,AMPに分けられる。
ATP(アデノシン3リン酸):リン酸3個
ADP(アデノシン2リン酸):リン酸2個
AMP(アデノシン1リン酸):リン酸1個

生物の活動エネルギーはATP→ADPに変化する時のエネルギーしか使え無い。

今在るATPを使って歩ける距離:3m トイレにも行けない。

3mでは困るので、クレアチリン酸サイクルでADPをATPに戻します。
これで歩ける距離:...続きを読む

Q長さNヌクレオチドのDNAで、幾通りのヌクレオチド配列が可能か

長さNヌクレオチドのDNAで、幾通りのヌクレオチド配列が可能か。二本鎖の場合は何通りか。

この質問に、5塩基と4塩基のヌクレオチドを考えてみました。
5塩基だと、GGCTAとTAGCCは

GGCAT
CCGTA

TAGCC
ATCGG

と、二通り出てきて、同一でありました。

したがって、1/2*4^Nと考えてみました。

(1/2は二組が二つとも同じなので、ひとつに考えるために決定。4~Nは4塩基(A,T,C,G)で並べると、4のN乗必要である、と考えました)

次に、4塩基の場合を考えて見ますと、

Aから始まる4つの塩基(ATGGなど)と残りのT,C,Gから始まる4つの塩基を同様にならべてみました。

すると、合計4の4乗つまり256通りの塩基配列ができました。

ここで、5つの塩基の時と同様、

ATCCとGGATは、同一の塩基

すなわち

ATCC
TAGG

GGAT
CCTA

と出てくるので、1/2*4^Nと考えてみました。

すると、答えから、

ACGTのときは

ACGT
TGCA

という組み合わせが考えられ

同様にTGCAのときは

TGCA
ACGT

という組み合わせが考えられ、

最初の

ACGT
TGCA

は180度回転させると一つの塩基配列の中で、まったく上下同様の塩基配列が現れることになりました。

つまり


ACGT
TGCA

というものは、180度回転させると、全く同じものなのです。

そこで疑問です。

この問題の回答に

奇数の塩基の数のときは
1/2*4^N
偶数の塩基の数の時には
1/2*4~N+1/2*4^(1/2)N

と出てきたのですが、

1/2*4~N+1/2*4~(1/2)N

+1/2*4~(1/2)N

のところが分かりません。

たぶん、

ACGT
TGCA



CTAG
GATC

のようなものに関係する数式だと思います。

でも、理解できません。

教えてください。

長さNヌクレオチドのDNAで、幾通りのヌクレオチド配列が可能か。二本鎖の場合は何通りか。

この質問に、5塩基と4塩基のヌクレオチドを考えてみました。
5塩基だと、GGCTAとTAGCCは

GGCAT
CCGTA

TAGCC
ATCGG

と、二通り出てきて、同一でありました。

したがって、1/2*4^Nと考えてみました。

(1/2は二組が二つとも同じなので、ひとつに考えるために決定。4~Nは4塩基(A,T,C,G)で並べると、4のN乗必要である、と考えました)

次に、4塩基の場合を考えて見ますと、

Aから始まる4つの塩基...続きを読む

Aベストアンサー

1)
ATTT
TAAA

2)
TAAA
ATTT

3)
AAAT
TTTA

4)
TTTA
AAAT

1)と3)は同一で配列Aとしましょう
2)と4)は同一で配列Bとしましょう

ところがAとBは違う配列です。

なぜならDNA(RNAも)は配列に極性(のようなもの)があります。

5'ATTT3'
3'TAAA5'

と書けばわかり易いと思います。ふつうDNAの配列を表記する時は、糖鎖の5'が露出している方から(左から右に)並べていきます。反対側がの3'が露出していることになります。しかし、それにくっつくしたの配列はDNA(RNAも)の性質上左が3'となります。

5'ATTT3' +鎖
3'TAAA5' -鎖

で、3'TAAA5' -鎖を上にして表記すると
5'AAAT3'になるわけです。これが1)と3)が一緒になる理由です。
でこれが2で割る理由です。奇数の場合は単純に2で割ればことがすむのですが、偶数の場合(完全な)パリンドロームが問題になります。これは2で割る必要がないので私の計算で先にこの数を求めて引いておいたわけです。
(完全な)パリンドロームは全長2nの時前半の半分n個の配列が決まるとおのずと後半が決まります。
例えば2n=8のばあい前半がATGGだと後半はCCATにならざる終えないわけです。
したがって(完全な)パリンドロームのかず4^nを求めて4^2nから引いたわけです。

たぶんこれでご質問の答えをフォローしていると思いますが、疑問があればおっしゃってください。返事は遅くなるかもしれませんが、いたします。

1)
ATTT
TAAA

2)
TAAA
ATTT

3)
AAAT
TTTA

4)
TTTA
AAAT

1)と3)は同一で配列Aとしましょう
2)と4)は同一で配列Bとしましょう

ところがAとBは違う配列です。

なぜならDNA(RNAも)は配列に極性(のようなもの)があります。

5'ATTT3'
3'TAAA5'

と書けばわかり易いと思います。ふつうDNAの配列を表記する時は、糖鎖の5'が露出している方から(左から右に)並べていきます。反対側がの3'が露出していることになります。しかし、それにくっつくしたの配列はDNA(RNAも)の性質上左が3'となり...続きを読む


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