会社での通勤費について

タイトルの通りですが、通勤費について質問です。
ややこしい話なのですが、2年半前に引っ越しをして
今住んでいる家に来たのですが
その時に当時の上司に住所変更届と通勤費変更届を
提出したのですが
どうやら住所変更届の方だけ本社に提出されていたらしくて
通勤費変更届は提出されていなかったらしいのです。
そして、先日現在の住所が市役所のミスで
隣の家の住所と重複していたらしくて
変更しました。
そこで、会社にも住所変更届を提出し
念のために通勤費変更届も提出するようにと
指示が来たので提出したところ
通勤費が前の住所(実家)からの通勤費に
なっていると本社から連絡が来たらしいです。
(今は現在の上司までの連絡でまだ私には本社からの連絡は来ていない状態です。)
ここで上司からは今まで(2年半)の通勤費の差額分を支払ってもらわないとならないと思うと言われました。
正直、私は2年半前に通勤費変更届を提出しているにも関わらず差額分を支払わなくてはならないのでしょうか？
ちなみに、私が引っ越しした年に通勤費の支払い方法が公共機関のみ(バスや電車の定期代)(車通勤でも)の算出から、車通勤はガソリン代の算出に変更しました。
そのため給与詳細を確認しても差額分が無くても
あまり気にすることはありませんでした。

駄文、誤字、脱字あると思いますが、解答のほどよろしくお願いいたします。

質問者からの補足コメント

• 解答ありがとうございます。
  公共機関のみの算出＝ガソリン代(距離)からの算出ではないので毎月、給与明細を確認しても多少の差はあれど極端な差が無かったので
  ガソリン代になり距離もそれなりにあるため
  「あまり気にすることはありませんでした。」
  と言い回しました。
  
  追記
  現上司に本社に取り合ってもらったところ
  私がいつ引っ越したかすら
  把握していなかったらしく
  いつからの交通費の差額分を
  支払ったらいいのかと
  詳細をファックスで送るよう求めたところ
  そのまま本社から連絡が来なくなったため
  このまま何も言ってこなかったら
  無理にこちらから話をつける必要はないので
  このまま様子を見ると言われました。
  
  改めて私の会社のいい加減さを痛感しています。

    補足日時：2016/12/16 22:49

No.3 回答者： rukking15k 回答日時： 2016/12/13 01:09

変更届を提出していても、支払わなければいけません。

給料明細を見る際に、合計支給額が少し多いと気付かなかったのですか？
労働時間はともかく、交通費の欄を全く見ない社会人はいないです。
仮に見ていなかったとしたらアホです。
引越した年だけ確認して、それ以降確認しなかったのだったら
あなたの落ち度であり、差額ドロボーをやっちゃっているわけですから
差額を支払う必要があります。
届けを出していたのに、処理しなかった会社だけが悪いとはなりません。
社会人なのだから、あまり気にすることはありませんでした、ではだめです。

No.2 回答者： おじい 回答日時： 2016/12/06 13:29

貴方が通勤費を余らして　その分を私事に使用して居たりなら　返却する事です　＋－ゼロであったのなら　会社　上司に言う事です

No.1 回答者： yokohamahope 回答日時： 2016/12/06 11:06

誤りを見つけて正したのなら、その原因が会社や役所または本人の責に関わらず、遡って正すのが世の常ではないでしょうか。

（時効という考え方も一部にありますが）