源泉徴収有り特定口座における地方税(住民税)の二重課税について

今まで払っていた株式に関わる税金を確認していて、源泉徴収有り特定口座分の地方税が二重課税されているように思えました。
申告内容に何かミスがありそうか、計算が間違っていそうなところはあるか、何か分かったらご教示頂きたいです。

当方、サラリーマンで、複数の証券会社に口座を持っております。
各口座は、一般口座・源泉徴収有り特定口座・源泉徴収無し特定口座が混在しています。

1. ある証券会社の源泉徴収有り特定口座にて取引を行い、譲渡益・配当益から約20%の源泉徴収を受ける
2. 年度末に申告分離課税分の確定申告をする
3. 一般・源泉徴収有無特定口座全ての情報を入力し、源泉徴収無し分の利益の所得税約15%をペイジーで納付する
4. 翌年会社から貰う「給与所得などに関わる市民税・府民税 特別徴収額の決定」を確認すると、「課税標準」の「株式などの譲渡/上場株式等の配当」に確定申告分の総利益(源泉徴収有り分も含む)が記載されており、ここから地方税約5%分が課税されている

と、源泉徴収有り特定口座の利益は、20％の源泉徴収に加え、翌年の地方税徴収額確定時にも5%の課税がかかっているように思います。
こちらの手続きに何かミスがあり二重課税されてしまったのか、何かの理解不足なのかがわかっておりません。

どなたか御知恵をお貸し頂けませんでしょうか。
何卒よろしくお願い致します。

No.2 ベストアンサー 回答者： Moryouyou 回答日時： 2017/01/07 21:54

それは具体的に各数字をチェックしないと

答えにはたどりつきません。

今の時点ではチェックポイントをいくつか
上げる程度になります。

①配当益について
　確定申告時に総合課税を選びません
　でしたか？
　配当益を総合課税とすると配当控除が
　受けられ、給与所得と合算した所得税率
　となるため、ケースにより税金の軽減、
　還付が受けられます。

　しかし住民税は申告分離課税の5%から
　総合課税の所得割10%に上がるため、
　納税することになります。
　(2.8%の配当控除は受けられます。)

②源泉徴収税額の申告ミス
　確定申告時の源泉徴収税の申告が
　不足があると、その分住民税分も
　余計に納税しなければなりません。
　年間取引報告書の源泉徴収税額と
　確定申告書の税額に不一致はない
　でしょうか？

　このあたり、どうでしょうか？

特に①ですね。
確定申告書上の第二表の所得の内訳で
『配当』となっているものがあれば、
総合課税を選択していることになります。

いかがでしょうか？

この回答へのお礼

ご回答ありがとうございます。
ご指摘頂いた確定申告書上の第二表の所得の内訳を確認したところ、理由が判明致しました。
所得税の源泉徴収学額の合計に株式の源泉徴収分は含まれていないと思っていた(地方税が含まれるため)のですが、全額が給与等の源泉徴収額に加算されておりました。
つまり、特定口座の源泉徴収額は一旦全て所得税の納付とみなして申告書では計算されるようです。
なので、翌年に地方税分5%の納付が必要な旨も納得出来ました。

チェックすべき箇所を挙げて頂き、答えに辿りつけましたので、BAとさせて頂きます。
曖昧な質問で申し訳ございませんでした。

お礼日時：2017/01/07 22:38

No.1 回答者： mukaiyama 回答日時： 2017/01/07 21:41

＞3. 一般・源泉徴収有無特定口座全ての情報を入力し…

何で源泉徴収ありの分まで申告したのですか。
まあ、損益通算を図りたかったなどの理由はあるのでしょうからそれは良いですけど、所得税、住民税とも前払い済みであることをきちんと記載しましたか。
源泉徴収額を正確に記入しましたか。

＞ここから地方税約5%分が課税されている…

約5%分って、具体的な数字を示さないと的を射た回答はできません。
株の譲渡益に対する住民税は、約5%でなく、きちんと5%です。
一般・源泉徴収有無すべて含んで約5%、正確には 4.7% だったとかいうのなら、源泉ありの分に再課税はされていないかとになります。

とにかくこの種のお話は、数字を出さずに解を求めようというのは無理です。

この回答へのお礼

ご回答ありがとうございます。
源泉徴収有り分まで申告した理由は、追納の必要が無いからと言って、申告をしないで良いかが分からなかったためです。
正確な値は書きづらかったため、曖昧な質問となってしまい、申し訳ございません。

お礼日時：2017/01/07 22:30