pythonでのsamtoolsによるbamからsamへの変換方法

pythonでsamtoolsによるbamからsamへの変換方法をご存じの方いたら教えてください。

samtools view -h aln.bam > aln.sam

これをpythonで認識されるようなコードがあると思うのですが。
よろしくお願いいたします。

No.1 回答者： siffon9 回答日時： 2019/12/07 07:11

こちら↓のサイトの方法でよいと思います。

https://www.sejuku.net/blog/51090

import subprocess
cmd = "samtools view -h aln.bam > aln.sam"
subprocess.call(cmd.split())