No.1ベストアンサー
- 回答日時:
PSORT WWW Server
ここで、どこに局在するかのプロバビリティイーを出してくれます。あとはデーターベースによっては記載があると思いますが、、
参考URL:http://psort.hgc.jp/
この回答への補足
ご回答ありがとうございます。
おかげさまでpsortを使えるようになりました。
ただもう一つお聞きしたいのですが、
酵母のタンパクの中で、シグナルペプチドをもつ
タンパクだけを対象にBLASTをする事は
可能でしょうか?
やり方をご存知でしたら教えてくださいませんか。
お願いします。
No.3
- 回答日時:
>酵母のタンパクの中で、シグナルペプチドをもつ
>タンパクだけを対象にBLASTをする事は
>可能でしょうか?
これは、私にはどうしていいかわかりません。バイオインフォーマティックスをやっているひとなら、データーベースからそれだけをセレクトしたデーターベースをあたらに構築してという手順をふむやり方を知っていると思いますが、、、
No.2
- 回答日時:
S. cerevisiaeは、ゲノム全長の配列の解析が終了して、実証済み、予測上の遺伝子あわせて、全ての遺伝子がデータベースに出ていると思いますが。
タンパク質の機能や局在に関しても、実証済みのものも予測上のものも、evidenceを添えて出ているようです。S. cerevisiaeゲノムデータベース
http://www.yeastgenome.org/
そのなかで、機能、生理活性などのannotation、Gene ontology
http://www.yeastgenome.org/help/gotutorial.html
http://db.yeastgenome.org/cgi-bin/geneSummary/ta …
が役に立つでしょう。
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