RNA抽出

乳酸菌に対してノーザンによりｍRNAの定量を行おうと思っています。そのためのRNA抽出を行った際に、RNAが抽出できたかどうかを確認するにはどうしたらいいのでしょうか？

No.3 回答者： ahaha_1980 回答日時： 2008/06/12 21:58

　（1）電気泳動で。

16S rRNAと23S rRNAのバンドがあればかなりの量が取れていると予想できます。
　（2）RT-PCRで。（1）で確認できなければ16S rRNAをターゲットとしてRT-PCRを行い、電気泳動で確認することがよいでしょう。RT-PCRプライマーには乳酸菌に特異的なものでも細菌にユニバーサルなものでもどちらでも良いと思います。しっかりと混入DNAをDNaseで処理してからRT-PCRを行ってください。

No.2 回答者： Kohntarkosz 回答日時： 2004/10/25 17:19

RNA抽出の後、まず、吸光度260nmと280nmを計測しましょう。

このとき波長スキャンを行い、波形が綺麗であることを確認してください。
A260/A280が1.8～2.1になれば綺麗に取れていると言えます。
260nmの吸光度を25で割った値がRNAの濃度（ug/uL）になります。

その後、電気泳動（変性条件下）して確認してください。
rRNAがはっきり見えていること、28Sの方が2倍以上強く見えること、
低分子側にスメアになったものが多くないかをチェックしてください。

No.1 回答者： overthisgraysky 回答日時： 2004/10/25 05:00

ノーザンなら、ＲＮＡ抽出の後ゲルに流しますよね？

そのときに分かるのではないでしょうか？
また、ブロッティングをするときに、いつも発現しているようなmRNA（アクチンとか？）に対してもコントロールとしてブロッティングを行い、ＲＮＡはとれているということを示してはどうでしょうか？

サザンしかやったことがないので自信はないのですが。