ABIのシークエンスである塩基の波形がずれる

ABI310でシークエンスをしています。キットはBigDye terminater ver.3.1です。解析ソフトはsequencing analysis 3.4.1です。

最近使い始めて、コントロールとして付属のプラスミドとプライマーでサンプルを作って装置にかけました。結果、波形はきれいに出たのですが、Tの波形が若干右にずれていて、テキストとしてみるとNがいくつも出てしまいます。
たとえば、ATGCという配列があったとすると、波形ではTが右にずれているため、AとTの間が通常より隙間が広く、TとGの間が狭く、テキストにするとANTGCとかANNCとかになってしまいます。

一応、DyeSet/primer settingとかinstrument fileとかをいじって見たんですが今度はGがずれたりして、キッチリとピークが並んでくれません。

どうすれば直るのでしょうか？よろしくお願いします

No.2 ベストアンサー 回答者： geneticist12 回答日時： 2007/09/27 15:13

matrix fileや解析モジュールは間違いなくBD ver3.1用のものを使っていますか？ver 1.1用のでは合いません。

matrix fileは装置ごとに固有のものなので、BD ver 3.1 standerd kitを買って泳動して作らなければならないはずですが、それは済んでいますか？

この回答へのお礼

実は装置とパソコンは譲り受けたもので、だいぶ使われていなかったもののようです。ですのでソフトのバージョンが古くてmatrix fileの種類も隣のラボのものより少なくて、それでかなという風にも思っていました。新しいmatrix fileの作り方もマニュアルに載っていたのですが、試薬がないので今の状態でなんとかならないかと思っていましたが、やはり適正なmatrix fileを作り直さなければいけないのかもしれませんね。どうもありがとうございました！

お礼日時：2007/09/27 17:43

No.3 回答者： miya_0726 回答日時： 2007/09/27 15:24

波形のずれは、局所的ですか？それとも全ての箇所で同じくらいずつシフトしていますか？

全部同じくらいずつシフトしているのであれば、ソフトウェアでうまくベースコールができていないのだと思います。
私はほとんどSequencing Analysisを使わないので設定の仕方についてアドバイスできないのですが、どこか設定をいじることで綺麗に配置させることはできるようになるはずです。

この回答へのお礼

ずれは全体的にですね。回答をくださった他の方の話でも、ソフトウェアの設定の問題でしょうとのことなので、そのあたりを調整してみます。ありがとうございました。

お礼日時：2007/09/27 17:46

No.1 回答者： goodmanman 回答日時： 2007/09/27 15:06

初めましてこんにちは。

私は理学部卒です。

国立でなくて私立大学ですので
よろしくお願いします。

シーケンサーは、塩基配列を調べる機器です。
やはりＡＢＩがこの業界での標準です。
この機械で論文を書かないと信用されません。

メーカーとしても、利幅の大きい機械です。
質量分析装置も良く売れていますよ。
科学研究費でよく買われていますね。
一度ご検討してみられてはどうですか。

ネイチャーに載る可能性もぐんと近づきますよ。