アミノ酸配列によるタンパク質の機能の予測

Leu-Ala-Asp-Phe-Ile-Glu-Lys-Leu-Leu-Ser-Val-Ala-Lys-His-Leu-Ile-Asn-Glu-Val-Ser-Arg-Leu
この配列をもつ蛋白質の予想される機能とは何でしょうか？

No.2 ベストアンサー 回答者： oil-sour 回答日時： 2008/09/04 09:32

その配列はタンパク質の一部、ということでしょうか？

それともそれが全シークエンスでしょうか。（その場合はペプチドと呼ぶ方がよいと思いますが）

各種相同性検索でヒットしなかったようですので、そのシークエンスだけからタンパク質の機能を予測するのは極めて危険です。
例えば疎水性アミノ酸残基が多い場合、ある膜タンパク質の膜貫通領域かもしれませんし、親水性タンパク質酵素の折り畳まれた内部かもしれません。

いずれにせよ、モチーフ検索で相同性がなかった場合、一次配列からタンパク質の機能を予測することは現在の科学では不可能です。
どうしても気になるなら（研究上必要であれば）そのタンパク質を精製して、詳細な調査をすることをおすすめします。

この回答へのお礼

的確なアドバイスありがとうございました！

お礼日時：2008/09/07 05:39

No.1 回答者： ZIMA0063 回答日時： 2008/09/01 21:38

データベースなどで、まずそのタンパク質の相同性検索を行い、

その配列を持つタンパク質の情報を仕入れるとわかると思います。

ttp://www.dna.affrc.go.jp/links/jp/
ttp://www.cbrc.jp/papia/papiaJ.html
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/

主なサイトを掲載しておきますので、よろしければ。

この回答への補足

回答ありがとうございます！
教えてくださったサイトで検索してみたのですが、見つかりませんでした。
↑の配列から予測するタンパク質の機能は
「疎水性側鎖をもつアミノ酸が多く含まれるので、疎水性が強い」
で合ってますでしょうか？

補足日時：2008/09/03 21:59

この回答へのお礼

ありがとうございました！

お礼日時：2008/09/07 05:40