目的遺伝子を制限酵素で切り出し他のベクターに挿入する際に入る余分な配列

non-expressionベクターに入っている目的遺伝子を、制限酵素処理とligation処理によってGSTタグつきの発現ベクターに移すことを考えています。目的遺伝子の上流には複数の制限酵素認識配列があるので、目的遺伝子を挟むように制限酵素処理をすると、GSTタグと目的遺伝子の間に余分な配列（それらの制限酵素認識配列）が入ってしまう気がするのですが、タンパク質を発現させた時に、これは問題にはならないのでしょうか。その配列が入ってしまうのは一般的に良しとされていることなのか教えて下さい。

No.3 回答者： stringf35 回答日時： 2009/03/11 12:00

自分なら無視します。

そもそもＧＳＴなんていうでかいものが余計についているわけで、
そこに少し余計についてもいいかな、程度の認識です。短いタグの場合にはリンカーは入らないようにしますが。

むしろ、ＧＳＴがつくことで目的遺伝子産物の融合部分がマスクされたりしそうなので、
リンカーが多少あった方が安心な気もします。

No.2 回答者： guragura77 回答日時： 2009/03/09 13:35

余分な配列があることで問題が起こることもありますから、開始コドンの直前に使いたい制限酵素サイトを設計することが多いです。

そうしたところで余分な配列が全くなくなる訳じゃありませんけど。

どうしても目的遺伝子の配列以外を残したくない場合には、eXact tagを使うという手もあります。ただし完全にタグフリーにしようとすると使える制限酵素が限られてしまいますし、タンパク質によってはうまく精製できないこともあるようです。

http://www.bio-rad.co.jp/cmc_upload/Literature/2 …

No.1 回答者： ga111 回答日時： 2009/03/09 07:11

一般には良しとするというよりは、無視されます。

ただしあまり長いくならないようにします。またそこに終始コドンがあるとダメです。

この回答へのお礼

さっそくのご回答どうもありがとうございます。終止コドンに気をつけて考えてみます。

お礼日時：2009/03/09 08:35