たんぱく質の立体構造を描くソフト

下記の条件を満たす,たんぱく質の立体構造を描くソフトを探しています.
(PDBファイルを用いて作成できれば助かります)

(1)C末,N末が表示できる.
(2)α1,α2,,,β1,B2,,,が表示できる
(3)結合(疎水性相互作用，水素結合，イオン結合，S-S結合)
が表示できる

(1)(2)(3)すべてを満たすソフトは難しいかもしれません.
(1)(2)(3)いずれかを満たすソフトを教えて頂ければ幸いです.
よろしくお願いいたします.

No.2 ベストアンサー 回答者： Sbacteria 回答日時： 2005/10/12 09:45

>(1)「基本的に、C末, N末は、アミノ酸残基がわかればマークできます。

」と書かれていましたが,たんぱく質の1次構造がわかれば,アミノ酸残基はわかるのでしょうか?

タンパク質は、アミノ酸がペプチド結合で１次元に配列してできた長いポリペプチド鎖が、折りたたまってできた高分子です。と言うことは、ペプチド結合に関与しないαアミノ基、αカルボキシル基が２個、両端にあって、アミノ基側をN末、カルボキシル基側をC末と呼びます。

>(3)立体構造から結合のことをわかるために,勉強したいです.ご紹介頂ける書籍,Webサイトはございませんか?

（１）の質問から考えると、基礎的なことから手がけた方が良いでしょうね。ブルーバックスや岩波新書の生化学関係の本を読まれてはどうですか？
おすすめは、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4062744 …
などです。

おすすめのサイトは、
http://133.100.212.50/~bc1/Biochem/biochem4.htm
です。

頑張ってください。

この回答へのお礼

ご回答ありがとうございました.
早速お教え頂いた本,Websiteを利用して勉強したいと思います

お礼日時：2005/10/12 10:53

No.1 回答者： Sbacteria 回答日時： 2005/10/11 16:37

初心者には、　RasMol が良いと思います。

http://www.umass.edu/microbio/rasmol/

（１）基本的に、C末, N末は、アミノ酸残基がわかればマークできます。
（２）”α1,α2,,,β1,B2,,,が表示できる”と言うのが、何の事かわかりませんが、αへリックス、βシート構造は表示できます。
（３）結合は、X線でもNMRでも直接見える訳では無い（Ｓ－Ｓは見えますが．．．）ので、自分で見ながら確かめていく必要がありますが、距離も簡単に求められるので、色々いじくってなれるのが一番かと思います。

他にも、　Swiss－PDBviewer や　MolMol があります。

http://tw.expasy.org/spdbv/

http://homepage.mac.com/yabyab/howtomolmol/molmo …

この回答への補足

ご回答ありがとうございます.
たんぱく質の分野に未熟なため,下記の質問をお教え願えないでしょうか?

(1)「基本的に、C末, N末は、アミノ酸残基がわかればマークできます。」と書かれていましたが,たんぱく質の1次構造がわかれば,アミノ酸残基はわかるのでしょうか?

(3)立体構造から結合のことをわかるために,勉強したいです.ご紹介頂ける書籍,Webサイトはございませんか?

宜しくお願い致します.

補足日時：2005/10/11 20:51