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EXEというのはインストールするパッケージと圧縮されたパッケージを展開して、ハードディスク等にコピーしシステムにソフトウェアを登録するプログラムが一体になったものです。
MSIは圧縮されたパッケージとシステムに登録するレジストリ情報などが一体になったもので,インストールを行うプログラムは含まれません。MSIはMicrosoft Windows Installerというプログラムを使用してインストールを行います。よってMicrosoft Windows Installerが無い環境ではMSIによるインストールはできません。
ただMSIはインストールプログラムを含みませんのでファイルサイズがEXEと比較して小さくなることが多いというメリットがあります。
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