主人公とヒロインの仲が悪いアニメ - アニメ・声優 - 教えて！goo

初期（）に限定すればありますね。
(1)ブラックラグーン
「常識人」のロックと弱肉強食・力こそが正義のレヴィは最初は反目し合ってましたね。（レヴィってヒロインなのか？またはロックは男性主人公なのか？やや微妙なところですが。）
(2)グリーングリーン
共学化の実験ということで女生徒を一か月限定で受け入れましたが、お嬢様な朽木双葉は主人公の高崎圭介たちを猿呼ばわりして毛嫌いしてました。男子生徒は女生徒に興味津津でセクハラ紛いなことまでやってしまったので当然ですが…
（まあ、主人公はそれほどひどくないんですが。）
主人公も、生意気な女という見解で正直仲も悪かったんですが、ある事件をきっかけにすっかり双葉がツンデレ体質に…
（これは元々はゲームの双葉ルートですが、アニメの結末は明らかに双葉ルートなんで当てはまると思います。）

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出だしだけでいいなら
「はいからさんが通る」花村紅緒＆伊集院忍
「伝説巨神イデオン」ユウキ・コスモ＆イムホフ・カーシャ
「聖戦士ダンバイン」ショウ・ザマ＆マーベル・フローズン
「魔法戦士リウイ」リウイ＆ミレル
「金色のコルダ」日野香穂子＆月森蓮
「ヤマトナデシコ七変化」中原スナコ＆高野恭平
「とらドラ!」高須竜司＆逢坂大河

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まっさきに「らんま１／２」を思い出しましたが・・・。
最初はまさに犬猿。
後々、お互い素直になれない典型に。

「聖剣の刀鍛冶」
ヒロインの方はある程度好意を寄せているような気はするけど、仲は良いとは言えない？

「クロスゲーム」
元々のヒロイン？がすでに故人、今のヒロイン？とは犬猿の仲・・・？

「シティーハンター」
物語を締める間際でのまともなヒロイン化と言う結構珍しいパターン。
それまではお互いを大事にはしているが、お邪魔虫的存在。
・・・そもそも最初は居なかったし？

そういう観点で見てた事は余り無いので、ポン！とは出てきませんねー・・・意外と。

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これなんか…
http://www.b-ch.com/cgi-bin/contents/ttl/det.cgi …
砂ぼうず
最後は、主人公が敵側に寝返って、主役が交代して、ヒロイン？と
対決します。

http://www.b-ch.com/cgi-bin/contents/ttl/det.cgi …
ダイバージェンス・イヴ
主人公(ヒロイン)を犠牲にして？その場しのぎ…逆襲？されて、
センカドシーズン突入
http://www.b-ch.com/cgi-bin/contents/ttl/det.cgi …
みさきクロニクル～ダイバージェンス・イヴ～

後は、これ？見ればわかる…
http://www.b-ch.com/cgi-bin/contents/ttl/det.cgi …
とある魔術の禁書目録
http://www.b-ch.com/cgi-bin/contents/ttl/det.cgi …
とある科学の超電磁砲

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