ブートストラップ検定は回数によって結果が違うの？

winbootというソフトを用いてブートストラップ検定をおこないました。
ところが、おなじデータをもとに、おなじSimple Matching coefficientで検定しているのに、
回数によって得られるUPGMA図の枝分かれの仕方が異なります！

そういうものなんでしょうか。

あらかじめ別のソフト（MEGA4）で遺伝距離を反映したUPGMA図を作成しており、それにブートストラップ値を加筆したかったので、同じ枝分かれでないと困るのですが。

アドバイスや似たご経験のあるかた、お返事をください。
よろしくお願いします。

No.1 回答者： Iguchi_Y 回答日時： 2011/07/31 08:52

＞回数によって得られるUPGMA図の枝分かれの仕方が異なります！

確率に基づくやり方だから，当然と言えば，当然，そうなります。

ウィキペディアのブートストラップ法の項目を見ましたか？
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%96%E3%83%BC% …

何回繰り返せば十分か?
という説明に，
計算能力と時間の許す限り多くの繰り返しを行う方が妥当である。

と，正論とも皮肉とも取れる文があります。

でも，これが，この方法の実情（実態？）なんですね。