離散フーリエの周期区切りのズレをどうやって修復？

離散フーリエは周期の整数倍のデータを入れなければなりません。
しかし、ジャストで1周期のデータにはなりません。
どうすればこのズレを修復できるでしょうか？
具体的な状況としては試料に電界をかけたデータとそのままのデータとの位相差を出したいのです。
そこで出力された電圧のデータから位相差を出すのに
離散フーリエが必要なのです。
測定内容は
入力電圧　5V
周波数　　1000Hz
測定点数　最高で1000点

ここで周波数が1000HZで測定点数が1000点までなので
細かく切れないのでズレが出るというわけです。
知ってる方できれば、積分の式にどういう関数を
かければいいとか、例題的に教えて下さい。
理論だけだと理解が辛くて・・・お願いします。

No.1 ベストアンサー 回答者： ekitaigenzou 回答日時： 2003/12/04 17:59

FFTを使うと思います．

その場合は，点数は，2のべき乗でなければならないので，
1024点はほしいですね。
でなければ，512点になります．

ご質問のずれですが，含まれている周波数がわからないからFFTをかけているわけですので，通常ずれは避けられない問題です．

この場合は，窓関数というのをかけます．
ハミング窓やハニング窓など，あまり元波形に悪影響を
与えない窓関数が提案されています．
このようなキーワードで検索してみてください．
たいていは，最初と最後でゼロになるような関数です．

>ここで周波数が1000HZで測定点数が1000点までなので
細かく切れないのでズレが出るというわけです。

この部分の意図が読めませんが．
測定範囲を表現したいのならば，
周波数の分解能を指定する必要があると思います．
もしも，1[Hz]単位だとこの仕様では無理ですね。
最低でも2000点は必要です．