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「終末消化」とか「膜消化」というキーワードで検索してみるといいと思います。
デンプンなどの多糖は吸収される直前に終末消化酵素によりグルコースなどの単糖まで分解されます。タンパク質も同様にアミノ酸にまで分解されます。こうして小さくなった分子が小腸の上皮細胞の膜を通過して取り込まれます。
吸収する直前まである程度の高分子のまま置いてあるのは、腸内細菌に吸収されないためと言われています。
参考URL:http://www.hps.or.jp/news/5851.htm
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