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酵素電気泳動とは、電気泳動手法の一つであり、ポリアクリルアミド ゲルとともにポリマ化された基質を擁する SDS-PAGE に基づいており、酵素活性の検出を目的としている。
試料は、通常の SDS-PAGE 処理緩衝液にて調製するが、煮沸処理はなく、また、還元剤も含まない。電気泳動に続き、緩衝化していない Triton X-100 中でのインキュベーションにより、SDS はゲル (つまり、ザイモグラム) から除去され、さらには、適切な消化緩衝液中、37°C にて最適な時間のインキュベーションをおこなう。続いて、ザイモグラムを (ふつう、アミド ブラック、あるいはクーマジー ブリリアント ブルーにて) 染色すると、酵素により分解された基質のある、濃く染まったバックグラウンドに対し、消化された領域が明瞭なバンドとして現れる。ゼラチンは、最もよく使用される基質であり、ゼラチン分解プロテアーゼの活性を調べる目的で有用であるが、酵素電気泳動はこれまでも、キシラナーゼ、プロテアーゼ、リパーゼなどを含むさまざまな酵素に応用されている。
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