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通常、CSVファイル20MBをメモリに読み込んだぐらいでは、速度低下(メモリスワップ)が発生するとは思えません(主メモリが128MB等、古いPCをお使いなら別ですが)。
私は、CArchiveを使ったことがありませんが、日ごろfopen()してfgets()やCStdioFileを使ってテキストファイルを読んでいて速度低下を感じたことはありません。
CArchive自体がメモリを大量消費するかぐらいしか原因は浮かびませんが、もしかすると全然関係ない原因(CPU負荷の増加)が別にあるのかもしれません。
実行中のメモリ消費量をチェックしてみることと、CStdioFileなどを使ったプログラムに書き換えてみてはどうでしょうか?
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