葉緑体ゲノム

葉緑体ゲノムについて何かご存知のことがあれば教えてください！

No.1 ベストアンサー 回答者： trace55544 回答日時： 2008/01/07 18:07

背景

葉緑体は植物において光合成を担当する細胞内小器官で、現在の地球環境はこの光合成機能によって形成され（地球大気の酸素は光合成によって生成され、また酸素の放出によって海中の金属が酸化沈殿して鉱脈を形成したと考えれている）、維持されていると言って過言ではない。
葉緑体は現存の生物としては藍藻に類似した単細胞の祖先型生物が進化の過程で植物となる細胞内に取り込まれ、細胞核に多くの遺伝子を受け渡しながらも、独自のゲノムを維持しながら進化（？適応）してきたと見られる。

1986年に世界で初めて名古屋大学グループがタバコ葉緑体で、また京都大学グループがゼニゴケ葉緑体でその全塩基配列を決定し、葉緑体をゲノムレベルで解析する礎が築かれた。その後、およそ30種の植物について葉緑体ゲノムの解析が進められており、また、祖先型とみられる藍藻についても、かずさ研究所グループによる全塩基配列に続いて数種のものについて全塩基配列が確定している。

高等植物の葉緑体ゲノムはほぼ150,000塩基対程度の大きさで、環状構造を持ち、大きな逆位反復配列を含んでいる。ゲノム上には100個以上の遺伝子が存在することが指摘されているが、一つ一つの遺伝子発現を確認することは困難な作業であり、未発見の遺伝子の存在も否定できない。

目的
集積されつつある各葉緑体ゲノムについて、その遺伝子構成の比較を容易にするために遺伝子地図の描画を容易に実現できるシステム開発を目指す。
葉緑体に存在する遺伝子群について、その分布、類似性などの比較検討に資する資料を効果的に提供できるＤＢ環境構築を目指す。


--------------------------------------------------------------------------------

遺伝子地図作成
ゲノム上に存在する遺伝子の配置を一定を図示した『遺伝子地図』を、タバコ葉緑体の研究報告で用いられた形式に準じて描画するシステムを構築しつつある。
一定書式で記述された遺伝子名とその位置（塩基位置）を持つファイルを素材として与えることで、pdf 化された『遺伝子地図』を作成するプログラムを作成した。

現行版では、近接した遺伝子の名称記述を適切に再配置して、読みやすいものにする機能が欠けており、人間の関与が避けられない。

ＧＵＩを用いて、段階的に「より良い」地図の作成に利用者の参加を求めるシステムの開発が今後の課題である。

参考URL：http://sunlight.k.u-tokyo.ac.jp/lec/rikadai1-8.h …

この回答へのお礼

ありがとうございました。
参考になりました。

お礼日時：2008/01/12 16:07