制限酵素によるプラスミドの切断

生物学の実験で、制限酵素によるプラスミドの切断の実験を行いました。制限酵素で二重鎖DNAを切断し、生じたDNA断片をアガロースゲル電気泳動により分離するという方法です。
コントロール・・・・（プラスミド　蒸留水　High Salt Buffer Medium Salt Buffer)
サンプル・・・（コントロールにEcoRI　HindIIIの制限酵素を加えたもの）の２つをそれぞれをゲルに流し込み。電気泳動を行いました。
電気泳動後、ゲルの写真を見たのですが
C　 ｜ ｜
　　
S ｜｜｜ 　
－　→泳動方向→　　　　　＋
というような結果が出ました。　
サンプルとコントロールのバンドの距離が同じ長さなので、切断されていないと先生が言いました。ここから質問なのですが、
切断されていないということは、サンプルのレーンのバンドの数は０本ということですか？
また、なぜ切断されなかったのか教えてください（制限酵素によってDNAが切断されたのなら、そのDNAにはその制限酵素の認識配列が含まれいたということですよね。私たちの班のDNAには認識配列が含まれていなかったことになるのでしょうか？）

No.1 回答者： otx 回答日時： 2008/05/02 20:03

逆に、質問者様は

＞DNAには認識配列が含まれていなかった

以外に何か心当たりは無いのでしょうか？

この回答への補足

量の入れ間違えもあるかもしれません。認識配列が含まれていないことでこのような結果もあるのでしょうか？　班毎にやっているのですが、ほかの班は、バンドの位置がずれていたりするので

補足日時：2008/05/02 20:49

No.2 回答者： tunertune 回答日時： 2008/05/02 20:33

>切断されていないということは、サンプルのレーンのバンドの数は０本ということですか？

私には３本あるように見えるのですが・・・。

この回答への補足

私もゲルの写真は３本あるように見えるのですが、一番前のバンドがコントロールと同じ距離にあるので、切断されていないようです。

補足日時：2008/05/02 20:55

No.3 回答者： otx 回答日時： 2008/05/03 15:38

電気泳動のバンドの本数（なんとなく一番前のバンドがプラスミド本体というか一番バンドが濃くて、あとはゲノムコンタミかocが薄く見えているのかと思ったりしますが）、

量の入れ間違えもあるかもしれませんというコメント（何の量？）、

ほかの班は、バンドの位置がずれていたりするので（ずれるってどういうこと？）

からは、状況がいまいちよくわからないです。

この回答への補足

文章の不足すいません。学生がやったことなのでサンプルのEcoRI　HindIIIの制限酵素の分量が適量ではなかったかもしれません。制限酵素の分量によってＤＮＡが切断されないことがあるのでしょうか？　また他に切断されなかった理由はあるのでしょうか？
ゲノムコンタミかocっていうのは何でしょうか？
たびたびの質問申し訳ありません。

補足日時：2008/05/03 18:51

No.4 回答者： otx 回答日時： 2008/05/04 14:19

もし、その実験がプラスミドＤＮＡの抽出からやったとするならば、抽出する際にプラスミドではないＤＮＡが混入したものが精製される可能性について言及させませんでしたか？

もし、言及されていないのなら、質問者様はどう思いますか？

プラスミドＤＮＡには一部が切れたりなどしていろんな形があるということを説明されませんでしたか？もし、されていないのならプラスミドの精製について勉強すればどういう形がありうるのかわかると思います。

それを踏まえて、制限酵素をいれなかったら、その時点でどのようなバンドが見え得るのか考えてみましょう。

＞EcoRI　HindIIIの制限酵素の分量が適量ではなかったかもしれません。制限酵素の分量によってＤＮＡが切断されないことがあるのでしょうか？

同じ時間で反応させた場合、分量が少なかったらって考えましたか？
っていうか、自分で考えてください。

入れすぎたらどうなるか、「スター活性」でも調べてください。

まず自分で考えて、その見解について述べてから質問することも覚えたらいかがでしょうか？

がんばってください。