細菌ゲノムの制限酵素による切断について

Pseudomonas属の細菌からDNAを抽出し直接制限酵素で切ろうと考えています。この際、メチレーションの影響は考えなくてよいのでしょうか？また、事前にどの部位がメチレーションされているのか調べる方法はありますか？
例えば、HaeIIを用いようとした場合CpG methylationがあれば切れないと思います。これは実際に切れるか切れないのかやってみないとわからないのでしょうか？
何か参考になる文献などもありましたら教えて頂けると嬉しいです。

よろしくお願いします。

No.1 回答者： MIYD 回答日時： 2008/10/04 09:13

実際に操作せずに調べたいのであれば、

その株がDNAメチル化酵素を持つかと、それがどのサイトをメチル化するかを文献やデータベースで調べることになるでしょう。

目的が分かりませんが、
メチル化を気にするのであれば、メチル化の影響を受けない酵素やサイトで切ったらどうでしょうか。