No.1ベストアンサー
- 回答日時:
シーケンス同士の重ね合わせ(アライメント)を行うプログラムです.重ね合わせてみることで、シーケンス間に共通する配列や残基、類似性の
高い領域、モチーフなどを探知することができます.この回答への補足
回答ありがとうございます。ついでに,お聞きしてもよろしいでしょうか。
『シーケンス アライメント』で検索すると、アライメントを作成できるフリーソフトが結構ある気がするのですが、あえてclustalWを用いる理由は何なんでしょうか?
No.2
- 回答日時:
>あえてclustalWを用いる理由は何なんでしょうか?
ClustalWは1990年頃(だったかな?)とかなり早い時期からある、大量の配列データを一度に処理できる、系統的解析に適している、等の理由で幅広く使われてきています.GenomeNetやEBIから簡単にアクセスできる、という利便性もあります.そういう理由から、配列のアライメントでは非常にスタンダードな、みんなが知っているツールになっており、
「あえて特別な理由がなければ、ClustalWでよい」
というのが実情だと思いますが.
アライメントには幾つかのアルゴリズムがあり、ClustalWはProgressiveですが、他にはHMMやら遺伝的アルゴリズムやら種類が豊富にあります.解析の目的や結果に応じてこれらのアルゴリズムを使い分ける、というのは、バイオインフォマティクスの世界では普通に行われています.
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