No.1ベストアンサー
- 回答日時:
DNAの配列決定を行なう場合、読める配列には限りがあり、限界に近づくと決定できない塩基が増えてきます。
どの塩基か決定できなかった部分は通常Nであらわされます。
従って、Nの部分は、読めなかったシークエンスということですので、除去してからBLAST等の解析に進むのが普通です。
また、Nが連続しだす少し前の部分も、読み間違いが発生している可能性が高いので、要注意です。
ご回答ありがとうございました。 やはり読み切れなかった部分だったんですね。 その部分を除いた配列でBLASTに入力してみて結果がでました。ご回答ありがとうございました。
No.4
- 回答日時:
AかCかGかT(どれかわからん)の時の略号はNです(処理するプログラムによっては,例えばAかTの時もNと表記されるようですが).
Nがたくさん連続するというのは,ダイレクトシークエンス(PCR産物を直接シークエンスにかける)では?
端っこまでいくと完全に反応は終わっちゃいますから.
余談ですが,AかG,とか,GかCかT,というようなそれぞれの組み合わせに特定の略号が存在します.これが結構おもしろくて,AかGはプリン塩基といわれるのでpRineのR,CかTはピリミジン塩基なのでpYrimidineのY,CかGは強く結合するのでSTRONGのSだったり...NはたしかANYのNだったと思います.
私はこれでプリンとピリミジンを間違えなくなりました(おバカだねぇ).
ヌクレオチノドの解析の際には、MとかRとか出てきました。それと混同してわからなくなってしまい、今回質問させていただきました。
ご回答ありがとうございました。
No.2
- 回答日時:
シークエンサで出された生データ(電気泳動のクロマト図)をご覧になりましたか?
Nになっている塩基の部分がどの塩基か生データで確認できますでしょうか?
恐らくできないでしょう。#1さんも述べておられますが、「塩基を決定できませんでした」の意味です。
略語の元の言葉がNucleotideのNなのか、NoneのNなのかはわかりませんが。
仮に生データをご覧になっていないで、弾き出されたPCの配列データのみを見ているようでしたら、それは非常に危険ですので必ず生データを見てください。
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