系統樹の読み方について

系統樹の読み方について


生物学の初心者です。


系統樹で、図の下の方にこのような図がありますが

|――――|　
　0.01

（解りにくくてすみません）

どういった意味か教えてください。


距離のことを示しているということはだいたいわかりますが、

なんの距離なんでしょう？

よろしくお願い致します。

No.2 ベストアンサー 回答者： prumin 回答日時： 2010/07/02 19:36

おそらく図の説明文にスケールバーの説明はあるはずですが・・・

系統樹の種類によってスケールの正確な意味は変わってきます。
今回の場合，おそらく塩基配列かアミノ酸配列を利用した分子系統樹ではないでしょうか？
仮にそうであれば，スケールバーは「座位あたりの置換数」を意味するはずです。
（系統構築の方法によっては違う意味の場合もあり得なくはない）

つまり，系統樹上で枝の長さがスケールバーと同じ長さであれば，
その間に特定の座位で，0.01回の置換（塩基置換またはアミノ酸置換）が起こったと推定される，という意味です。
なお，普通は多数の塩基かアミノ酸情報を用います。
そうすると，例えば 1000 塩基の DNA 配列を用いたのであれば，スケールバーと同じ長さの枝の距離は 1000 x 0.01 で 10 塩基の置換が起こったと期待される進化的距離，ということになります。

注意が必要なのはこれはあくまで理論的な期待値だということです。
実際に 2 種の間が "0.01" の距離で隔てられていたからと言って 2 種の DNA 配列に 1000 塩基あたり 10 塩基の違いがあるとは限りません。
（系統樹作成時に様々な数学的補正がかかるためと思ってください）

この他にも系統樹を読み解くには落とし穴が色々とありますので，
一度なんらかの参考書を調べてみることをおすすめします。

この回答へのお礼

詳しい解答、ありがとうございました！

もう一度参考書などを読んで、勉強してみたいと思います＾＾

お礼日時：2010/09/24 15:51

No.1 回答者： doc_sunday 回答日時： 2010/07/02 08:17

他にも数字があるでしょう。

無ければ地図と同じく「比分化度の大きさの単位」です。
一般にはＤＮＡの変異から計算した「比分化度」です。
値が大きければ「昔」別れ、小さければ「最近」別れたと考えます。
もちろん「昔」とか「最近」とかは時間に比例はしていません。
進化の筋道の「里程標」です。

この回答へのお礼

ご回答ありがとうございました！

お礼日時：2010/09/24 15:52