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色を分離しなくても Cell Counter プラグインを使えば数えられますが、手作業なので少し時間はかかりそうです。
imageJで細胞数等を数えるCell Counter|LifeScienceProject
http://life-science-project.com/1005/
染色されている部分と背景がくっきり分かれている画像であれば、もう少し楽なやり方ができます。
まずヘマトキシリンと免疫染色(DAB?)を分離するために Colour Deconvolution プラグインを使います。
Colour Deconvolution
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/softwar …
プラグインのインストールは、上記のページの "java and class fils" をダウンロードして解凍し、ImageJ フォルダの中の plugins フォルダに入れて ImageJ を起動させれば良いはずです。
ImageJ で解析したい画像を開いて Plugins メニューから Colour Deconvolution を選択し、Vectors で "H DAB" を選んで OK を押します。
このプラグインで色を分けた後、ヘマトキシリンと免疫染色(DAB?)の画像を Analyze Particles で解析して染色された核の数をカウントすれば OK です。
ImageJの日本語訳~Analyze~
http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/menus/ …
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