二次元電気泳動

二次元電気泳動で分離する場合、まず初めに等電点電気泳動で分離し、次にSDS-PAGEで分離しますが、この2つの分離方法の順序を逆に出来ないのは何故ですか？

No.1 ベストアンサー 回答者： desert 回答日時： 2005/12/01 12:04

一般的な二次元電気泳動で順番を逆に出来ない理由は、

（１）電気泳動の一次元目には変性剤なし、二次元目には変性剤あり（SDS）でされていますよね。本来の二次元目を先にやると、その時点でタンパク質が変性するので、後からする等電点電気泳動も変性したままのタンパク質ですることになってしまいます。

上記の（１）の問題が何らかの方法でクリアできたとして、
（２）電気泳動の一次元目のゲル（ストリップ）にはｐH勾配がかけてありますよね。本来の二次元目の電気泳動の後で、等電点電気泳動をするということは、そういうｐH勾配のついた２次元（平面）のゲルを用意しなければならないということです。そういうゲルを再現性良く、低コストで作れるでしょうか？

この（２）も問題なくできたとして、
（３）上記の（２）で作った平面のゲルの向かい合う辺に電荷をかけて等電点電気泳動をすることになりますが、ここでも問題があります。ストリップでの等電点電気泳動であれば、タンパク質が適当な位置に移動してその場に留まってくれるのに対し、平面で等電点電気泳動ををすると電荷のかかっている方向では問題なく適当な位置までタンパク質が移動しますが、電荷のかかっていない方向にもゲル（移動できる部分）があるために、その方向に分散が起こります。つまりきれいなスポットにならないということです。

今回の質問者の場合は、２次元目がSDS-PAGEという事ですので、回答は（１）だけ見ていただければ十分かと思いますが、仮に２次元目にSDSを使わない方法であったとしても（２），（３）の理由から、二次元電気泳動の順番を逆には出来ません。