PCRで増幅後、確認のためプラスミド精製、エタノール沈殿をしてから、TEに溶解後のサンプルを10μl泳動しました。
泳動後の結果を見てみると、とても発光が薄いバンドが見られました。(バンドが出た位置は大丈夫でした)いつもははっきり見えていたのにと思い、もう一度やってみましたが、結果は同じでした。私の研究室ではEtBrを先に入れてゲルを作っています。なにがいけないのかがわかりません。一緒に入れたDNAマーカーも薄いです。この発光の濃淡はDNA濃度とも関係してくるのでしょうか?わかりにくい質問ですみません。よろしくお願いします。
No.2ベストアンサー
- 回答日時:
先染めで薄かったら、そのまま後染めをして見ましょう。
ゲルにいれたEtBr濃度が低かったからとか、EtBrが溶出しているとか(EtBrはDNAと逆向きに流れるので、低分子DNAのほうからEtBrが抜けてしまいます)いった場合にはこれで解決です。
通常、UV照射装置は感度が最高の短波長と、DNAへのダメージが少なく切り出しに適した長波長の切り替えがついています。長波長に切り替わっているとバンドの蛍光強度は低くなります。そうなっていないでしょうか。
>この発光の濃淡はDNA濃度とも関係してくるのでしょうか?わかりにくい質問ですみません。よろしくお願いします。
EtBrの染色強度でDNAの定量をするくらいですから、DNA量(重量)と蛍光強度には正の相関があります。いつも使っているマーカーも薄いとなると別の原因でしょうけれど。
No.3
- 回答日時:
ゲルはいつも作りだめしていらっしゃいますか?
作製して日がたったエチブロ入りゲルの場合、質問者様がおっしゃっているような現象(マーカーまでも発光が薄くなる)が経験上よくあります。
私はゲルを作り直してもう一回泳動しなおします。
ありがとうございます。確かにうちの研究室では作りだめをしてますね。後輩に聞いたところ新しいのを作ってくれるとのことでした。なので作るように頼んでおきました(笑)(私は作る暇がないといったので)
No.1
- 回答日時:
サンプルはどうなのかわかりませんが・・・。
今までと同量のDNAマーカーを使用し染まりが薄いなら、エチブロの問題です(薄いのでは?)。
作り直しorエチブロ足しましょう。
あと周りの人にも聞いてみて。
・同じマーカー使った人→はっきりバンドが出たか
・最近エチブロ使った人→染まり具合はどうだったか
何で紫外線照射してるかわかりませんが、その機器は大丈夫ですか?使用法あってますか?今までと同じ設定ですか?
確認してください。
お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!
おすすめ情報
- ・漫画をレンタルでお得に読める!
- ・人生のプチ美学を教えてください!!
- ・10秒目をつむったら…
- ・あなたの習慣について教えてください!!
- ・牛、豚、鶏、どれか一つ食べられなくなるとしたら?
- ・【大喜利】【投稿~9/18】 おとぎ話『桃太郎』の知られざるエピソード
- ・街中で見かけて「グッときた人」の思い出
- ・「一気に最後まで読んだ」本、教えて下さい!
- ・幼稚園時代「何組」でしたか?
- ・激凹みから立ち直る方法
- ・1つだけ過去を変えられるとしたら?
- ・【あるあるbot連動企画】あるあるbotに投稿したけど採用されなかったあるある募集
- ・【あるあるbot連動企画】フォロワー20万人のアカウントであなたのあるあるを披露してみませんか?
- ・映画のエンドロール観る派?観ない派?
- ・海外旅行から帰ってきたら、まず何を食べる?
- ・誕生日にもらった意外なもの
- ・天使と悪魔選手権
- ・ちょっと先の未来クイズ第2問
- ・【大喜利】【投稿~9/7】 ロボットの住む世界で流行ってる罰ゲームとは?
- ・推しミネラルウォーターはありますか?
- ・都道府県穴埋めゲーム
- ・この人頭いいなと思ったエピソード
- ・準・究極の選択
デイリーランキングこのカテゴリの人気デイリーQ&Aランキング
マンスリーランキングこのカテゴリの人気マンスリーQ&Aランキング
-
エチジウムブロマイドを触って...
-
ただしいデカントの方法
-
頭骨標本の脱脂用に使っている...
-
可溶性画分と不溶性画分について
-
SDS-PAGE 移動度について
-
どうしてもエタノール沈殿が上...
-
タンパク質の収率
-
プラスミド精製の原理
-
凍結乾燥の失敗について
-
Western blotting -バンドがす...
-
SDS-PAGEで分離したタンパク質...
-
Native-PAGEをウェスタンに使う
-
SDS-PAGEで、ゲルを作製すると...
-
PD-10カラムを用いた抗体精製法
-
アガロースゲルの濃度
-
PAGEについて
-
エチブロが妊娠に与える影響に...
-
westernの際のタンパク量
-
冷アセトン法について
-
ゲル作製の際でのwellの大きさ
おすすめ情報