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基本的に同じことができます。
違いは、Win32の方を選ぶとコンパイル結果がCPUが直接実効できる機械語になります。
CLRアプリは、共通中間言語という言語にC言語から変換されます。CLRは、C#やVisualBasicやC++/CLIで共通のランタイムライブラリで、一種のインタプリタです。機械語より多少遅いのと.NET FRAMEWORKが必須になります。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%85%B1%E9%80%9A% …
作ったPCだけで動かしている分には気にしなくて良いですが、他の人に配布するときは.NET FRAMEWORKを一緒に配らないといけません。
それにWin32のC++(アンマネージド)とC++/CLI(マネージド拡張)は文法が違いますので注意が必要です。
http://ja.wikipedia.org/wiki/C%2B%2B/CLI
前の質問にも答えておきます。
>MFCが使えないのならば作りにくいのでしょうか?
世の中に出ている本やWEBサイトがMFC前提で書かれている場合が多いので、MFCは情報を調べやすいのです。
MFCは、WindowsAPIを楽に使うために手順を省略してC++ライクに使えるようにすることが目的です。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Microsoft_Foundatio …
ただし、WindowsAPIだとMFCより細かく書かないと同じ機能を実現できないのでWindowsAPIは面倒だという人々と、MFCで標準でない機能を実現しようとすると難度がWindowsAPIより上になるのでだったらWindowsAPIが良いと人々がいます。
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