量子化学計算ソフト GAMESS のエラー

量子化学計算ソフトの GAMESS について質問です。

64 bit 対応の Mac に 64 bit 版の GAMESS をダウンロードしてインストールしました。
起動してから、"gamess" ファイル内にある test file を実行しましたが、GAMESS に読み込ませると GAMESS が予期しない理由で終了し、Stauts の欄には ERORR と表示され、Log も見ることができません。Output file を見ても、Input file と同じ内容になっています。

加えて Avogadro にて自分で作った Input file を読み込ませても、test file を読み込んだ時と同じ挙動を示します。

メモリーが足らないのでしょうか？
それとも、CPUが小さいのでしょうか？
メモリーは 4GB、CPUは 1.6 GHz Intel Core i5 です。

ネット上を検索しても解決策が見つかりませんでした。
解決策をご存知の方は、ご回答よろしくお願い致します。

No.2 ベストアンサー 回答者： 101325 回答日時： 2013/09/12 19:48

補足をありがとうございます。

パスに問題があるんじゃないかという気がします。
以下を試してみて下さい。

[1] GamessQが起動中であれば、終了する。
[2] gamessフォルダをアプリケーションフォルダの中に移動する。
[3] GamessQを起動する。
[4] GamessQのPreferences...で
　Spool Directory: を /Applications/gamess/gamessqd に
　GAMESS Path: を /Applications/gamess に設定する。
[5] exam01.inp を Add ボタンで読み込んで、Processors: 1 でOK。

何か問題があれば、gamessフォルダの中のgamessqdフォルダの中にあるqueue.logにエラーメッセージが書かれているはずです。解決できそうであれば、解決してみて下さい。


GamessQを介さないでGAMESSを走らせることも可能です。上の方法で問題が解決しなかったときは、次を試してみて下さい。

[1] ターミナルを起動する(ターミナルは、アプリケーションフォルダの中のユーティリティフォルダの中にある)。
[2] cd /Applications/gamess とターミナルに入力して、作業ディレクトリを変更する。
[3] ./gms tests/standard/exam01 とターミナルに入力して、gmsを実行する。
[4] output file name?[何か.log] と聞かれるが、そのままreturnキーを押せば、何か.log が出力ファイルになる。
[5] 一瞬の間があってから、入力待ち状態になれば、計算は正常終了しているはず。
[6] exam01.log をテキストエディタで開いて、計算結果を確認する。

exam01.log に EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY の文字列があれば、 計算は正常終了しています。何か問題があれば、ターミナルウィンドウか、exam01.logにエラーメッセージが書かれているはずです。解決できそうであれば、解決してみて下さい。


> さらに、rungms を読んでみると以下のような表示がありました。

rungms は 書類ではなく、Unix実行ファイルです。GamessQやgmsと同じように、gamess.May12013R1.x (GAMESSの本体)を呼び出すのに使われます。
Copying input file .inp to your以下略
は、入力ファイルを指定しないで rungms を実行したときに表示されるエラーメッセージです。今回のケースでは rungms は使用していないので、無視して大丈夫です。

この回答へのお礼

ご丁寧に、また詳細にご回答ありがとうございます。

ご回答の通りに試させていただきます。

お礼日時：2013/09/12 20:18

No.1 回答者： 101325 回答日時： 2013/09/09 20:23

解決策は分かりません。

ごめんなさい。
でも、少し厳し目のことをいわせて下さい。


> 起動してから、

何を起動したのですか。

> "gamess" ファイル内にある

そのようなファイルがあるのですか。

> test file を

どのファイルですか。

> 実行しましたが、

どのように実行したのですか。

> GAMESS に読み込ませると

何に読み込ませたのですか。GamessQ ですか。
それとも gms ですか。それとも gamess.何とか.x ですか。


何となく動かしたけど何となく動きません、という説明では
何となく GamessQ の GAMESS Path でも確認してみたら、とか
gamess フォルダ内にある gamessq.html と README を読んでみたら、
くらいの回答しか得られないんじゃないかなと思います。

もう少し補足説明があれば、お手伝いできることがあるかもです。

この回答への補足

ご回答とご指摘ありがとうございます。

質問に不足がありました。


.tar.gz を解凍すると、gamess というフォルダが生成されます。その中にGamessQ やtestsフォルダなど、GAMESSに関するファイルが梱包されています。


GamessQ を起動し、testsフォルダ内のstandardフォルダの中にある、exam01.inp ~ exam47.inp を GamessQ のウィンドウの左上にある Add から選択してGamessQ に読み込ませました。Avogadro を用いて作った .inp に関しても同様に行いましたが、Error が返されました。

GamessQ の Gamess Path は、Preferences から設定しなおして .tar.gz を解凍して生成されたファイルを指定しました。このファイルには、tests フォルダ、auxata フォルダ、GamessQ、rungms、gms、gms-files.csh、gamess.May12013R1.x、が入っています。

ここまでに関しては、"Molecular Modeling Basics"　というサイトを参考に行いました。


さらに、rungms を読んでみると以下のような表示がありました。

Copying input file .inp to your run's scratch directory...
Input file .inp does not exist.
This job expected the input file to be in directory /Users/**********
Please fix your file name problem, and resubmit.

file name ploblem を修正しろとありますが、どのように修正すれば良いのかわかりません。

初歩的な質問であるかもしれませんが、お力添えをお願いいたします。

補足日時：2013/09/12 16:57

この回答へのお礼

No.2 のご回答の 1 つ目の方法の通り実行しましたところ、計算が正常に完了しました。

誠にありがとうございます。

お礼日時：2013/09/12 20:30