塩基配列表について質問があります。
先日、生物学の授業にて、
塩基配列表(genetyxを用いてプリントアウトされたsequence file)が書かれたプリントを授業で配られ、「プライマーを設定してみよう」と言われたのですが、プリントの塩基配列に関して読み方が分かりません。
プリントには塩基番号1から1000まで、a,g,c,tからなる塩基配列が記載されています。
この場合、どちら(塩基番号の1側か1000側か)が3'末端になるのでしょうか?
また、通常このように記載されるのは元のDNA鎖の配列なのでしょうか?それとも、cDNAなのでしょうか?
DNAであればセンス鎖、アンチセンス鎖があると思うのですが、どちらなのでしょうか?
因みに、プリントには塩基番号1からttagacccgataagcccgcataatgc・・・・・と書かれています。
No.2
- 回答日時:
ほとんど回答されてしまっていますが・・・
プライマーは、DNA合成酵素がその合成の出発点とするための足がかりみたいなものですから、プライマー設計においてそれがcDNAであるとか、センス鎖であるとかは関係ないと思います。
だって、非コード領域だって、マイクロサテライトのような可変部が血縁認識には重要で、そのためにプライマーを設計したりしますので
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