フローサイトメトリーのDATA

フローサイトメトリーのDATA（数字だけでも）をエクセルのような表計算ソフト上に展開できないでしょうか
莫大なDATAで、1サンプル１００００cellを数えるとそれだけで
FSC、SSC、FL1－４（古い機種なので）
だけでも大量なDATAなのはわかって入るのですが
ぜひ、展開したいのですが
よろしくお願いします。

No.5 回答者： j_chan 回答日時： 2009/02/24 12:14

ベクトンやベックマン以外の解析ソフトで私が知っている範囲でしたら、FlowJo、 WinMDI、 WinList、 Modfit、Continuous Gatingなどでしょうか。

いずれも有料です。
FCMをやっているのでしたら、こちらのサイトが有用だと思います。
http://www.cyto.purdue.edu/
http://www.cyto.purdue.edu/hmarchiv/cytomail.htm

おすすめは下のリンク（メーリングリストのアーカイブ）で、今回のような疑問に対する解決方法を探すことができるかもしれません。

実験、がんばってください。

この回答へのお礼

いろいろご丁寧に教えていただきまして
ありがとうございました
フローサイトは本当に優れた測定方法と実感しております
まだ、初心者でよくわからない点が多く
お恥ずかしい限りです。
これからもよろしくお願い申し上げます。

お礼日時：2009/02/25 13:10

No.4 回答者： j_chan 回答日時： 2009/02/23 20:01

こんにちは。

それでしたら、FCSExtractというソフトが適していると思います。
http://research.stowers-institute.org/efg/Scient …
cellquestをお使いになられているということは、解析PCはMacでしょうか？FCSExtractはたぶんWindowsでしか動かないので、
1.Mac側から展開したいプロトコルのデータをfcsという形式でエクスポートする。
2.fcsファイルをWindows側に移してFCSExtractで読み込む。
という流れで、ご希望のデータが得られるはずです。残念ながらcellquestの具体的な操作方法は忘れてしまいましたので、マニュアルをお読みください。

この回答への補足

もし、この他にサードパーティーの解析ソフトもご存知でしたら
教えていただけると幸いです。すでにお礼を書きましたが、
もしごぞんじでしたら、ぜひ、試用してみたいので
よろしくお願い申し上げます。

補足日時：2009/02/24 11:20

この回答へのお礼

本当にありがとうございます。
無事できました。
今までの苦労がうそのようです。
感謝感謝！！！！
また何かの機会によろしくお願いします。

お礼日時：2009/02/24 11:00

No.3 回答者： j_chan 回答日時： 2009/02/20 19:33

こんにちは。

質問者さんはflowjoをお使いになっているのでしょうか？たしかflowjoにはデータをCSV形式でエクスポートさせる機能があったような気がしますが？サードパーティーの解析ソフトにはそのような機能が備わっていることが多いですよ。

この回答への補足

ありがとうございます
残念ながら、現在はcell-questの古いソフトしか利用できないのです。
そこで、直接DATAを展開させられないかと思っております。

ソフトのことはわからないのですが、
特殊な保存様式が利用されているのでしょうか
この保存されたDATAは専用ソフト以外でDATAだけでも取り出せる方法は
無いものでしょうか？

よろしくお願い申し上げます。

補足日時：2009/02/23 09:49

No.2 回答者： otx 回答日時： 2009/02/20 17:15

申し訳ありませんが、読解力がないために質問されている内容がよくわかりません。

推測ですが、あるサンプルを2色で染めて、それを機械にかけて5000個の細胞を取り込んだのかと思います。

＞FL1（強度のareaもしくは高さ）、FL2、FCS、SSCの4つのパラメーターがあるとして

それはわかります

しかし、

＞強度のareaもしくは高さ

なんのことでしょうか？よくわかりません。

＞1細胞ごとに4つのパラメーターを示すと1回の測定で４列×５０００行のDATAとして展開したい

どういうことかわかりません。
通常、まず機械で取り込んだあと、縦軸をSSC、横軸をFSCにしてドットプロットを作成します。
その後、解析したいところをゲートで囲み、その部分の細胞について、
縦軸を細胞数、横軸をFL1もしくはFL4の蛍光強度にしたヒストグラムを作成するとか、
もしくは、縦軸をFL1、横軸をFL４にしてドットプロットを作成するとか、
その後、それらの図で知りたい部分の蛍光強度の平均値を出してみたり、％を出してみたりして解析するのですが、
一体質問者様はどのデータを示したいのでしょうか？

http://www.med.kindai.ac.jp/immuno/facs.htm

この回答への補足

わかりにくい説明ですみません、

普通のflow-joなどの解析ソフトではなくエクセルなどの表計算ソフトにDATAを並べて解析したいのです。
自分の表計算ソフトを利用してヒストグラムやドットプロットを作り
解析したいのです。
ですから、細胞個々のDATAがほしいのです。
一般ソフトは使いづらい面があり、そこを自分なりに工夫したいのです。
1細胞ごとのDATAを取り出す方法は無いものかと質問させていただきました。


dot-plotには
quadrant-statistics
でX-mean、Y-meanという数字が表現されますが
それはULやURなどのエリアに存在した細胞各々のDATAの平均ですが
そのエリアに存在する個々の細胞のDATAを個別にほしいのです。

説明が苦手ですみません。よろしくお願いします。

補足日時：2009/02/20 17:25

No.1 回答者： otx 回答日時： 2009/02/20 10:12

展開したいデータとは、どのデータのことでしょうか？

細胞数？蛍光強度の平均値？

この回答への補足

よろしくお願いします。
1サンプルについて、
no-gate、5000cell、2色（FL1.FL2）で測ったとして、出てくる情報は
1細胞に対してFL1（強度のareaもしくは高さ）、FL2、FCS、SSCの4つのパラメーターがあるとして(本当はもっとあるとは思いますが詳しくないので4つのパラメーターがほしいとしました）
1細胞ごとに4つのパラメーターを示すと
1回の測定で
４列×５０００行のDATAとして展開したいのですが
無謀でしょうか、、、

補足日時：2009/02/20 16:10