cDNAライブラリの使い方や特徴がよくわかりません

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質問者：pspsaikoob
質問日時：2010/12/04 10:39
回答数：2件

大学の講義でｃＤＮＡライブラリーをλファージや大腸菌を使ってｃＤＮＡを増やすというようなことを習いました。
ここで下のことがよくわかりません。

・何かの細胞or組織からｍＲＮＡを抽出して作ったものはｃＤＮＡライブラリー(それぞれが違うたんぱく質部位をコードしたｃＤＮＡの集まり)なのか、それとも同じｃＤＮＡばかりが集まったものなのか。

・ｃＤＮＡライブラリーとはいろんなｃＤＮＡがごちゃまぜで保管されいるのかorあるいは何か容器ごとに「これは…のタンパク質のｃＤＮＡ、これは…のタンパク質のｃＤＮＡ・・・・・」というように区分けされて保管されているのか。

・ライブラリーは既知物を複製するためor未知物の配列を調べるためどちらのためにつかう物なの　か？

・前者の場合どうやれば複製した既知物を単離できるのか？

つまりそもそも組織からはなんのｃＤＮＡが手に入るのかがわかりません。
またｃＤＮＡライブラリーは既知物を増やすためにライブラリーから、使うｃＤＮＡを取り出すってことなら意味はわかるのですが、未知のたんぱく質の配列を調べるためにつかうのであれば、そのたんぱく質をつくっているｍＲＮＡからｃＤＮＡなり、なんなりをつくり解析すればいいのではないでしょうか？(だから未知物解析のためならライブラリーは必要ないのではないか)

ほかにもいろいろよくわかっていないことがあるのですが、まずこんな初歩の部分ですらよくわかっていません。
解説お願いします。

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回答 (2件)

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No.2

回答者： stringf35
回答日時：2010/12/09 15:18

＞何かの細胞or組織からｍＲＮＡを抽出して作ったものはｃＤＮＡライブラリー(それぞれが違うたんぱく質部位をコードしたｃＤＮＡの集まり)なのか、それとも同じｃＤＮＡばかりが集まったものなのか

前者です。それがまさにcDNAライブラリーです。
たとえば、脳からmRNAを抽出して逆転写すればbrain cDNA libraryです。

＞ｃＤＮＡライブラリーとはいろんなｃＤＮＡがごちゃまぜで保管されいるのかorあるいは何か容器ごとに「これは…のタンパク質のｃＤＮＡ、これは…のタンパク質のｃＤＮＡ・・・・・」というように区分けされて保管されているのか。

現代ではどちらもあり得ますが、教科書的にファージcDNAライブラリーという場合は、
ごちゃまぜのものをイメージすればOKです。
上の脳の例でいうと、brain cDNA library（ごちゃまぜ）をまとめてファージDNAに組み込んだものが、ファージbrain cDNA libraryです。

＞ライブラリーは既知物を複製するためor未知物の配列を調べるためどちらのためにつかう物なの　か？
＞前者の場合どうやれば複製した既知物を単離できるのか？

どちらもあります。
欲しいcDNAがあって、単離されたものがないときは、ライブラリーからPCRで増幅できます。
増幅したcDNAを電気泳動で分離して、バンドを切り出して適当なベクターに組み込みます。
あとは大腸菌に形質転換して、目的のcDNAが入ったベクターを回収すればOKです。

未知物への応用はcDNAをそのまま使うよりも、発現クローニングの方が多いと思います。

＞未知のたんぱく質の配列を調べるためにつかうのであれば、そのたんぱく質をつくっているｍＲＮＡからｃＤＮＡなり、なんなりをつくり解析すればいいのではないでしょうか？

cDNAを使わずに「そのたんぱく質をつくっているｍＲＮＡ」を取るのは技術的に難しいのです。

まぁ実際問題、ポストゲノムの現代では、未知のたんぱく質の配列というのはほとんどなくて、
cDNAライブラリーはスクリーニングに応用されることがほとんどですが。