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シス因子とは、同じDNAにある領域に働く因子で、トランス因子とは、どちらのDNAにも働くことのできる因子です。
エンハンサーとは、転写を促進するDNAの領域のことで、エンハンサーに結合したタンパク質を介してRNAポリメラーゼと結合し、その活性を高めます。これはトランス作用性因子です。なぜなら、エンハンサーはプロモーターと同じDNA上になくても作用するからです。(エンハンサーは確かにトランスに働きますが、このことが発見されたのはつい最近で、一般的にはシスに働くのと言った方が良いのかもしれませんが・・・・。その辺は曖昧です。すみません。)
転写を調節するタンパク質(リプレッサーなど)は普通、トランス因子です。なぜなら、核の中を自由に移動できるので、どちらのDNAにも結合できるからです。一方、転写を調節するDNAの領域(オペレーターなど)は一般的にはシス因子です。なぜなら、プロモーターと隣接しているので自由に移動できず、同じDNA上のプロ-モーター領域にしか働けないからです。ただし、エンハンサーは特別のようです。それはプロモーター領域ととても離れて存在するので、ある程度自由に移動できるからだと思います。
どの程度の知識をお持ちかわからなかったので、標準的な説明をしました。もっと詳しく、またはもっと簡単に、というときは補足したいと思います。
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