シークエンスが読めない原因

ユニバーサルプライマーを用いてPCRし、シングルバンドであることを確認後、ゲルを切り出し、ゲル濾過し、シークエンスしました。
しかし、得られた波形データはフラットで、Gの波形においてピークというのではなくなだらかな山型に出ています。この原因として、反応阻害物質があると考えるべきなのでしょうか。配列が長いものは短くプライマーを設計し、シークエンスすべきでしょうか。

補足として、
・読みたい長さは1000前後、
・シークエンスは外注です
かなり乱雑な質問ではありますが、ご教授願います。

No.2 回答者： suzume00#2 回答日時： 2007/12/09 00:51

＞配列が長いものは短くプライマーを設計し、シークエンスすべきでしょうか。

シーケンサーによって読める長さが決まってますので、それ以下にすべきです。

No.1 回答者： MIYD 回答日時： 2007/12/07 07:55

外注先が推奨している精製方法やDNA濃度にしていますか？

まずは、外注先に予想される原因とその対策を問合せましょう