今度RT-PCRを使用しようと考えております.
そこで疑問なのですが,1st cDNAの精製の際に
使用するランダム,オリゴdTプライマーなのですが
両方の特性を考えると長いRNA上流に目的配列が
無いときやGCリッチがないときはオリゴdTプライマー
の方がいいような気がします.
しかし,他者の論文その他を読みますと
自分と同じような系で
ランダム,オリゴdTプライマーを使用している方が
半々ぐらいいます.金額的にもオリゴdT,ランダム
プライマー共に変わりません,何かランダムにする
理由が考えれますでしょうか?
宜しくお願いします.
No.1ベストアンサー
- 回答日時:
うまくいけばどちらでもいいのですが、、、、
私の経験では、定量的な目的ではランダムプライマーのほうが、再現性の高い結果が得られます。
アイソトープを使って合成をモニターするとわかるのですが、逆転写の効率、つまり1stストランド合成効率はRNAサンプルごとに振れやすく、それに対して2ndストランド合成効率はほとんど振れません。あとで内部コントロールで補正するにしても、いかにRTの効率を高く安定させるかが、再現性のよい定量PCRを行うためのポイントといえます。その点、ランダムプライマーはオリゴdTプライマーに比べ、RTの効率は数段良く、サンプルごとの振れも最小限に抑えられます(オリゴdTだと、下手をすると一桁くらい合成効率が振れることがあります)。
有難うございます。
初心者からすると、ランダムプライマーの方が
定量性がないような気がしますが、
そのような理由からランダムプライマーを用いている
ヒトが多いのですねとても参考になりました。
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