制限酵素の認識EcoO109i

EcoO109はggnccを認識するはずなのに
E.coliの16srDNAの327～331残基のggtccを切断しないのはなぜですか？

No.5 回答者： RNase_P 回答日時： 2009/05/01 16:01

みなさんが仰るとおり

EcoO109 Iの認識配列はRGGNCCYです。
また E. coli 16s rDNAの当該部位の配列は CGGTCCA となります。
よって認識されないので切断されません。

ただしE. coli 16s rDNA上には GGGACCT という認識配列があります。
これが何故切断されないかはざっと調べた限りでは分かりませんでした。
dcm, EcoK, EcoBの各メチル化酵素の認識配列ではありませんので
この制限酵素が見つかったH709c株に特有の未発見なメチル化酵素が
あるのかもしれませんね。

No.4 回答者： RNase_P 回答日時： 2009/04/29 21:23

現在調べ物をできる環境にないので

個別の事例については確かなことは言えませんが
制限酵素をもつ生物は、通常同じ配列を認識する
制限切断系と制限修飾系の両方を保持しているため
宿主のDNAは修飾され、切断を受けません。

No.3 回答者： owata-www 回答日時： 2009/04/29 14:47

＃２さんが仰るように、認識配列はGGNCCではなくてRGGNCCYですね…

http://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_in …

No.2 回答者： guragura77 回答日時： 2009/04/29 13:44

EcoO109I (DraII) の認識配列は RGGNCCY です。

配列が違うのではないですか？
それに、ANo.1 で指摘されている通りメチル化の影響も受けます。
酵素を買った時に付いてきた説明書やカタログの記載事項を見てください。

No.1 回答者： owata-www 回答日時： 2009/04/29 13:23

確かなことは知りませんが、Ｃがメチル化されているからでは？

Ｃがメチル化されると活性が落ちる制限酵素は多いです