DNAの吸光度

今回実験で、鋳型DNAをpcrで増幅し、フェノクロで処理してDNAを抽出しました。そのPCR産物の吸光度を測定したところ
A260＝0.231、A280＝0.207
となりました。通常純粋なDNAの吸光度はA260/A280＝約1.8となるはずですが、上記の値ではかなり低いですよね；

ここでちょっとした疑問なのですが、A260＝0.231ということは、操作の過程でうまくDNAだけを抽出できず、DNA以外の不純物(プライマーなど)が混じっているためこのような極端に高い数値になってしまった、という見解で間違いないでしょうか??
ちなみに同じ実験をしている人のA260の値は0.008とかでした。

どなたか教えていただけたら嬉しいです。

No.2 回答者： Mr_Spock 回答日時： 2009/10/03 12:40

フェノールがその辺の波長に高い吸光度をもつので、フェノールのキャリーオーバーを拾っているのではないでしょうか。

http://omlc.ogi.edu/spectra/PhotochemCAD/html/ph …
反応に加える酵素類なんて極微量ですから、そんなに大きな影響はないでしょう。

No.1 回答者： CTAB 回答日時： 2009/09/30 17:58

A260の値はDNAの濃度なので、低かろうが高かろうが、純度とは関係ありません。

nae5さんもおっしゃっているように235とか260nmの吸光度と比較して純度を計算します。
そして、280はタンパクの吸光です。260/280比が高いのは、PCRからでうしTaqが残っているためでしょうね。BSAを使ってたらそっちもですね。
プライマーはDNAなのでコンタミしても吸光は260です。PCRの残留は電気泳動で調べましょう。

同じ実験をしている人の0.008というのはPCR産物の量が少なかったか、DNAの回収に失敗しているということです。

この回答へのお礼

CTABさん

丁寧かつ分かりやすいご回答、ありがとうございます!!
参考にさせていただきます。

お礼日時：2009/09/30 18:17