塩基配列解析の仕方～波形の編集基準～

より多くの方の意見を参考にさせて頂きたいです。

私は、ある環境由来のメタゲノムを用いて、
16S rDNAクローン解析法により原核生物の多様性解析を行っています。
サンプルは、業者に委託して塩基配列を読んでもらっています。


戻ってきた波形ファイルの編集の仕方で悩んでいます。

図のようにコンタミしているサンプルが多数あります。
（Exo-SAP処理も行っているのですが。）

私は、(1)のような汚い波形の場合や、コンタミが(2)のような最大ピークの半分以上に達している場合は、それより前半の塩基配列を削除します。
が、(2)以降のようにコンタミが最大ピークの1/3ぐらいの時はこのデータを使ってしまおうと考えています。

みなさんはいかがでしょうか？このデータ自体使わないでしょうか？

この解析にお金も労力もかかっているので、何とか無駄にしたくないのです。
最低でも300ｂｐ以上、できれば500bpは読みたいです。


このような経験的な事柄は中々参考書やwebにも載っておらず、
どういう基準が妥当なのかずっと迷ってきました。
同僚の中には、少しコンタミが見られるだけで、そのサンプルの配列を一切使わないという者もいます。確かにそうできれば一番いいのですが。。。

文章が分かりづらい点、本当にすみません。
よろしくお願いします。

No.1 ベストアンサー 回答者： Iguchi_Y 回答日時： 2011/05/13 06:55

＞同僚の中には、少しコンタミが見られるだけで、そのサンプルの配列を一切使わないという者もいます

それがベストでしょうが，現実には，多少なりともDNAのcontaminationは避けられないような気がします。
また，contaminated sampleの使用基準は特にないと思います。

せっかく分析したのですから，結果を出しておいて，それに対するcontaminationの影響を考察するのが良いと思いますが・・

No.2 回答者： noname#160718 回答日時： 2011/05/14 18:39

　その波形がコンタミが原因なのかどうかは議論の余地があるとは思いますが、それはさておき。

　実験成績にどれだけの「精度」を要求するかどうかは実験の目的等によって異なります。
　つまり、ここでこのような質問をしても意味がない、ということです。ご自分の実験成績にこのデータを採用して良いのか否かは本人にしか判らないことですから。

　例えば。

　私はウイルスが専門なのですが、分離したウイルスの同定をPCR→シークエンスでやることがあります。
　このような場合だと「相同性から検出した遺伝子は間違いなくこのウイルスの特異遺伝子である」ということさえ言えればいいので、シークエンスも片側しかやりませんし多少不安定な箇所があっても気にしません。

　でも、あまり変異しないDNAウイルスの系統樹解析をやるような場合だと、400塩基中数塩基違えば別のクラスターに入ってしまうような状況であれば、１塩基でも曖昧なデータが出てくれば採用できないこともあります。その１塩基を飛ばして解析することもありますし。


　要は実験目的によって求められる精度が違う、ということです。

　でも、両側読んでいれば片側のデータに乱れがあってももう片側のデータで補完できるでしょうから、500bpくらいは確実に読めると思うのですが・・・？

　ちなみに「お金がかかっているから」という理由を判断に入れるべきではありません。
　どんな事情があろうと、使えないデータは使えませんから。
　そこで無理にそのデータを使ってみても、結局は試験全体の足を引っ張られるだけになってしまうリスクが高いですよ。

この回答へのお礼

回答して下さって、ありがとうございます。
お礼が遅くなり、すみませんでした。

回答して下さったこと、最もだと思います。
この件に関しては、論文を投稿しても査読によって突っ込まれることもありました。

「お金がかかる」は本当に言い訳にはなりませんね。
基準を決めて、考察で補っていこうと思います。

本当にありがとうございました。

お礼日時：2011/05/17 17:53