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- 回答日時:
2本のプライマーが100%マッチでしたら、まず100%ダイマーを形成します(が、そこまでひどい例は少ないでしょう)。
逆に、ダイマー形成に寄与する塩基が少ない程ダイマーができにくくなります。
クローニングなどで、そういったプライマーを使わざるを得ない場合もありますよね^-^;
そういう時は、以下のような対処が考えられます。
(1) PCRのアニーリング温度を高めに設定
(2) その他、PCRの条件を厳し目に設定(Mg++少なめなど)
(3) テンプレートを多めに入れる
(4) DMSOを少量添加
(5) 対象がgenomicDNA/cDNAといった場合、Nested PCRで増幅対象を絞り込んでおく
(=対象より外側にまともなプライマーを別途設計しPCR, 増幅産物を使ってプライマーダイマーの心配があるプライマーで再度PCR)。
他にもあると思いますが、基本こんなかんじでしょう。
私ならまずは試すだけ試してみて、結果を見て考えます。
うまくいくと良いですね!
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