消費税の仕入税額控除について

2年前に市から補助金をもらって、汚染廃電気機器の分析を行いました。
その時の仕訳は次のようになります。

(1)補助金をもらった時
現金1,000,000/雑収入1,000,000

(2)分析業者への支払
費用2,000,000 /現金2,100,000
仮払消費税 100,000


(1)課税対象外取引、(2)は課税仕入れとして処理し、当時課税売上割合の95％ルール
があったので、課税仕入れは全額控除しました。
（個別対応方式は採っていません。原則課税方式を使っていました。）

当時、市からこの件に関して消費税の取扱いをどのように行っているかの照会があり、
上記の内容で答えました。


そして2年経った今、(1)の不課税に対して(2)で仕入税額控除を行っているので、100,000円は
消費税の負担をしたことになっていないので修正申告をしなさいとおう通達が市より届きました。


今までこのような通達を受けたことはなかったのでどう対処すべきかわからないのですが、
個別対応方式で対応した場合は(2)は控除対象外の取引となるのでしょうか？
そして当社のように原則課税方式で控除してしまった場合は通達に従って修正申告しなければ
ならないのでしょうか？

修正申告する場合ですが、100,000円以外にも延滞税や利子等も支払わないとダメなのでしょうか？

修正申告した場合の進行年度の会計処理はどうなるのでしょうか？

消費税を修正申告することにより法人税も修正申告しなければならないのでしょうか？

宜しくお願いします。

No.1 ベストアンサー 回答者： -9L9- 回答日時： 2014/02/16 00:20

この質問は変です。

あり得ない内容です。

消費税は国の税金であり、所管は国の機関である税務署です。市にはその申告について口を出す権限はありません。

そもそも質問の内容が全く意味不明です。
＞(1)の不課税に対して(2)で仕入税額控除を行っているので、100,000円は消費税の負担をしたことになっていないので修正申告をしなさい
などというのは消費税の仕組みからしてあり得ません。法人格の種類がわかりませんが、会社であれば補助金は不課税であり消費税の計算には関係ありません。御社の処理通りで問題ありません。公共法人等であれば特定収入として調整計算が必要ですが、この場合、個別対応という考え方はありません。使途の特定された特定収入ということはありますが、これは個別対応方式とは全く別の概念です。

可能性があるとすれば、消費税の申告のことではなく補助金を消費税分過大に申請したという可能性はあります。これは消費税の申告とは関係のないことであり、市に補助金を返納するかどうかという問題であって、質問内容とはまるでかみ合いません。

会計処理については、そもそも御社がどういう経理方式とどういう会計規準にのっとってもともとどういう経理をしていたのかがわからなければ修正の処理も判断できません。ましてや公共法人等であれば企業会計や一般の簿記論とは異なる経理なのですから回答できるわけがない。

市から通達をもらうということは市の監督を受ける立場か市の外郭団体でしょうから（民間の会社が市から通達など受けることは通常ありえない）、こんなところでこんな雑な（情報不足な）質問などしてないで、市の担当者に聞くべきでしょう。

この回答へのお礼

回答ありがとうございます。
私の勤めている会社は民間企業で市の環境局から修正申告についての依頼が届いているのです。税務署からではなく、市の環境局から届いたので、どのように対処すべきかと思っています。


その依頼の文面には「本補助事業に係る消費税額を仕入税額控除した場合、これに係る消費税額を実質的に負担していないことになり、補助金のうち消費税に相当する額を、本市に返還していただきたく場合もあると考えておりましたが、消費税を含めて補助対象とした本市の補助要綱に基づき貴社が適正に申請を行い、交付を認められたものであることから、本市としましては、消費税相当額を本市に返還していただくのではなく、消費税として正しく納税（修正申告）対応していただくことが適切と判断しました。」と書かれています。

要するに補助金のうち消費税相当額（質問の場合1,000,000円×5/105=47,619円）は補助金の返還ではなく、消費税を修正申告しなさいということだと思うのですが（最初の質問で100,000円仕入税額控除と書きましたが、これは誤りだと思います。すみません。）、環境局に対してはつっぱねてもよいのでしょうか？

お礼日時：2014/02/16 17:05