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生薬には漢方のような一本化された体系がないため、混乱を避けるために生物の世界共通の呼称である学名が用いられているのでしょう。
生物の学名は原則としてラテン語で付けられることになっています。
ラテン語は古代ローマ帝国の公用語であり、ローマカトリックでも用いられたため、ヨーロッパの古い大学ではラテン語が用いられてきた、ということが基になっています(哲学は神学のはしため、という時代ですから。ただ、その後ラテン語は聖と俗でそれぞれに伝承されていき、別々の発展を遂げたようですが)。そしてリンネという学者が2名法という、現在の学名の付け方を提唱したときにラテン語が採用されました。
植物に新たな学名を付けるときにはラテン語でその種の特徴を記載する必要があります。動物の命名はもっとルーズになっていますが。
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