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現在、国内で研究用の顕微鏡(対物レンズというべきかもしれない)を作っているメーカーは、オリンパス、ニコン、ミツトヨ、メイジテクノ、ユニオン。
輸入品はツァイス、ライツに限られているといってよいと思います。それ故、小メーカーに製作を依頼しても、対物レンズやシステムコンポーネントとしては上記のいずれかのメーカーの品を使うことになるでしょう。倒立顕微鏡については、上記のいくつかのメーカーで、かなりシステマチックで用途の展開が可能な物を販売しています。そこで、先ずは、上記のメーカーの標準的な倒立顕微鏡のカタログと、それから、組み立てようのシステムコンポーネントのカタログを取り寄せて、現在の倒立顕微鏡が、どのようなシステムになっているかを見られて、それで、お考えの用途に十分ではない場合には、それらのいずれかをベースに改造をしてくれる場所を探すのが現実的ではないかと思います。実際、あるメーカーから出されている共焦点顕微鏡は、上記のメーカーの中の一社の倒立顕微鏡をベースに、微動装置やピンホールを付け加えたものになっており、それを見ていると完全に筐体を設計するよりは、既存のものを転用する方がいろいろな意味で有利であるように感じます。
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