Ensemblのたんぱく質のデータはDNAより6通りの読み枠で考えて、実際に遺伝子として一個のタンパク質をコードしている読み枠(ORF)のものだけ集めたものですか?
Ensembl(http://www.ensembl.org/index.html)のBIOMARTからさまざまな生物種の塩基配列やたんぱく質のデータがダウンロードできます。DNAは2本鎖ですので、実際に蛋白質の情報が格納されているのは、相補的な逆鎖の可能性もあります。その場合にも、3通りの読み枠が考えられますから、方向が正しいと言う情報が無い限り、合計6通りの読み枠が考えられます。ながながとなりましたが、どうぞ宜しくお願いいたします。
A 回答 (2件)
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No.2
- 回答日時:
> 6通りの読み枠で考えて、実際に遺伝子として一個のタンパク質をコードしている読み枠(ORF)のものだけ集めているのですかねぇ。
多分違います。記述を読む限り、既に蛋白になることが分かっている cDNA(ゲノム DNA ではありません) から ORF を読み取り、ゲノム上でその ORF に合う部分を探し出しているのです。
No.1
- 回答日時:
Prediction Method として、
Genes were annotated by the Ensembl automatic analysis pipeline using either a GeneWise/Exonerate model from a database protein or a set of aligned cDNAs followed by an ORF prediction. GeneWise/Exonerate models are further combined with available aligned cDNAs to annotate UTRs (For more information see V.Curwen et al., Genome Res. 2004 14:942-50)
と書いてあります。蛋白や cDNA のデータを元に遺伝子の場所を決めています。
この回答への補足
早速のご回答どうもありがとうございました。論文を詳しく見てみないとわからないかもしれませんが、Ensemblで使われたアルゴリズムは6通りの読み枠で考えて、実際に遺伝子として一個のタンパク質をコードしている読み枠(ORF)のものだけ集めているのですかねぇ。このように考えて正しいですか?
補足日時:2008/03/06 22:32お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!
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