プラスミドの回収率が低いのですが…。

こんにちは。分子生物分野に今年から手を出し始めた者です。
大腸菌に組換えプラスミドを導入し、コロニーPCRで目的の領域がインサートされていることを確認した上で、プラスミドを抽出したのですが、何度やってもプラスミドの回収率が低く、20ng/μlほどしか取れません。
プラスミド抽出にはアルカリSDS法のmini prep　kitを利用しています。アンピシリンを添加したLB培地で16時間培養した大腸菌を用いました。またマトリクスにももうそれ以上吸着されていないようです。
何が原因でこのようなことが起こりうるのでしょうか？
また高濃度のプラスミドを回収するにはどうしたらよいのでしょうか？

No.2 回答者： geneticist12 回答日時： 2008/04/21 02:06

ベクターは高コピー性のものですか、低コピー性のものですか。

高コピー性のpUC系などなら1 mL培養あたり最低でも1 ug（通常は2-3 ug位か）は取れます。pBR系などコピー数の少ないものは、その1/10も取れたらいいほうです。

＞20ng/μlほどしか取れません
といわれても、何mLの培養をして、最終溶液の総体積がいくらなのかというのがわからないと収率がわからない、、、、ですよね。

培養液体積に対して総収量（濃度ではなくて）がいくらだったのか、と考えてください（案外、それでそこそこの収量だったりして）。

Akali/SDS液（Sol 2）は古くなると空気中の二酸化炭素で中和されて劣化し、溶菌が不十分になって収量が下がります。

サイズが著しく大きいとか、クローニングされたDNAから大腸菌に有害なタンパク質の思わぬ発現があるなどの場合、収量がが下がる場合があります。

No.1 回答者： otx 回答日時： 2008/04/21 00:33

入っている遺伝子の大きさや、たまーに毒性がある遺伝子が大腸菌に悪さをする場合があり、低コピーであったりします。

理由はどうあれ、よくあることです。

原因を追究する労力を費やすよりも、
簡単には、大腸菌の培養量を多くすればいいのでほ？