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PDFをExcelなどに変換するソフトがあるので、まずExcelに変換してから集計してはどうでしょうか?
ただ、PDFでの文字や数値は、間違いなく変換できるタイプと画像として保存しているタイプがあるようです。
画像を変換する場合は、OCRと言う機能(文書画像を解析して文字データ化する機能)を使うため、その性能に依存する場合があるようです。
http://shop.vector.co.jp/service/list/category/w …
などで、お試し版のあるもので試してみてはどうでしょうか?
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