dsDNA から ssDNA の分離

実験でdsDNAから目的のssDNAを分離回収しようと思っております。
現在私は、片方の鎖にbiotin修飾したものを用いてstreptavidin磁性粒子で分離しようとしております。が、うまくいきません。
加熱して変性し分離する方法、NaOHで変性し分離する方法などためしたのですが、一本鎖ではなく二本鎖ごと磁性粒子からはがれているようです。
なにかよい方法ご存じでしたらお願いいたします。

No.2 回答者： owata-www 回答日時： 2008/11/19 22:27

biotin修飾の方法がよくわからないのですが、もしbiotin修飾primerでPCRをかけたという意味ならば、代わりに5'末端がリン酸化されたDNA鎖を消化する＂λエキソヌクレアーゼ”を用いるのがいいかと思います。

目的配列の相補鎖側のprimerに5'末端がリン酸化されたもの用いてPCR
→λエキソヌクレアーゼで処理

すると、5'側がリン酸化された、つまり目的ではない鎖のみが消化され、目的の鎖のみが得られるはずです（正確には初めの鋳型は残りますが）

No.1 回答者： 24bauer 回答日時： 2008/11/19 19:42

アクリルアミドかアガロースのゲルで電気泳動して、

分子量で選別、抽出、精製ではだめなんでしょうか？