界面活性剤を加える理由について(BN-PAGE)

素人的な質問で申し訳ありません。
現在ある疎水性膜タンパクの多量体解析のため、nativePAGEの派生版であるblue native PAGE（BN-PAGE)を試みております。提唱者H Sch?ggerらの先行論文を見た限り、サンプルに1%DDMなど非イオン性界面活性剤を加えるのが一般的なようなのですが、この処理を行うと、我々の系では正常に泳動させることが困難でした（界面活性剤の塊が正常な泳動を阻害してしまいました）。そこでサンプルに界面活性剤を加えないで行ってみたところ、見かけ上は正常に泳動できているようでした。

そこで疑問なのですが、疎水性タンパクに界面活性剤を加えないで電気泳動（BN-PAGE)した場合、どのような影響が考えられますか？
BN-PAGEでは、CBBは疎水性タンパクにもそのまま結合し、タンパクを均一にマイナスチャージすると認識していますが。たとえマイナスにチャージしていたとしてもミセル化されていない疎水性タンパクが担体（PAGE）の中に入っていくこと自体が問題となるのでしょうか？
これまではSDS-PAGEしか経験がなく、盲目的に疎水性（膜）タンパクは界面活性剤でミセルにしないと！！と思い込んできたので、なんだかしっくりきません。
アホな質問で大変恐縮ではありますが、native PAGEにおける、界面活性剤の役割などを詳しく知りたいので、どうか皆様のお力をお貸しください。よろしくお願いしますm（＿＿）m。

No.2 回答者： nativepage 回答日時： 2009/10/30 14:48

確かオリジナルの論文で界面活性剤を使用しているのは、膜タンパク質の最初の可溶化のためで、BN-PAGE自体に必要なものではなかったはずです。

でも、疎水性膜タンパク質は、一度界面活性剤を用いて可溶化しないと泳動できないと思うのですが、加えない方が正常というのがよくわかりません。もう少し実験系、特にサンプル調整の方法を詳しく書いていただけませんか？

この回答への補足

連絡が大変遅くなってしまい申し訳ありません。

「疎水性膜タンパク質は、一度界面活性剤を用いて可溶化しないと泳動できないと思うのですが、加えない方が正常というのがよくわかりません」
←ここです、私が知りたかったのはまさにこれです。
ここの「可溶化しないと泳動できないと思うのですが」という部分の理由を詳しく教えていただけたら問題は全て解決です。

私が使用しているサンプルは膜タンパク質ですが、合成した精製タンパクで、不純物は混ざっておりません。
なので、Sch?ggerらが行っているように（可溶化によって）膜タンパク分画を抽出するといった必要が私には全くありません。
サンプル調製溶液にはI社のBN-PAGEキットを使用しております。
（組成はSch?ggerらのものと何ら変わりありません。ただ、界面活性剤を加えてないだけです）

なぜ精製した疎水性タンパクを可溶化なしに電気泳動することができなとお思いですか？　それとも可能なのでしょうか？
お知恵をお貸しください。

補足日時：2009/12/22 16:47

この回答へのお礼

お忙しいところご協力いただき大変ありがとうございました。界面活性剤にはN-ドデシル-Β-D-マルトシドを使用しておりましたが、CMC濃度以下を加えても泳動が乱れてしまいました。そのため、界面活性剤抜きで疎水性タンパクをサンプルに用いたBN-PAGEを行っております。（原理的には疎水性、可溶性両タンパクにチャージシフトモルキュールであるCBB-G250は結合するためです）。経験者の nativepage様 にご協力いただければ幸いです。

お礼日時：2009/12/22 16:58

No.1 回答者： noname#131236 回答日時： 2009/10/30 07:32

アレルゲンの析出でしょうか？

Laemmliのbuffer事項をもう一度ご確認ください。
溶媒中のバッファの問題だと思いますが…

界面活性剤といっても、元となる混合物質の種類で、元Gelに入れるグリセリン・アクリルアミド(多種)混合物をうまく調整しなければなりません。

でも
チャージ用試薬を共有している場合、試薬用に既製品バッファを使用なさっている可能性もあります。

その場合、(また、多くの場合、)PH調整試薬中にグリセリンがあらかじめ入っていますから、界面活性剤を知らないうちに使っているということになります。
(たとえばN某Page)

まずは、試薬がグリセリンが含有しているかしていないかを確認いただけたらと思います。

使わない場合、粘性の問題・LHによっては反応速度、析出物の物理形状・分子立体構造に大きな変化が出てきます。

SDSと比較しての利点は、立体構造が、壊れないと言うことですから、界面活性剤を使わなければ、析出物の構造が、SDSと似たものとなり、BNにする必要がないと言うことです。