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No.1
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アポトーシスに詳しいわけではないので、一般的な(もしかしたら当たり前の)意見になりますが、
rt-pcrで分かるのはmRNA(つまり転写)だけですから、その経路に問題がないとは言い切れません(し、まだ調べていない遺伝子の転写に問題がある可能性もあります)。
転写以外にも、蛋白質の量(翻訳や分解)、修飾、局在なども見ないと結論は出せません。
が、到底すべてを調べるわけにはいかないので、まずはそれぞれの経路での特徴的なステップを調べて、どこからどこまでの間に問題がありそうだ、というアタリをつける必要があると思います。
例えばCaspaseの切断やCytochromeCの局在などは、よく論文で見ます。
BH3ファミリーの蛋白質は修飾で安定化されたりするのでウェスタンで見ることが多いようです。
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