帳簿上の在庫と、実地棚卸した数量に誤差がありました。

会社で発注業務と在庫管理をしています。
決算時に実地棚卸をするのですが、帳簿上（弥生販売で入力しています）の数量と毎回かなり誤差があります。

前任者のときは、帳簿に合わせるためにまず売上等の間違いがないかどうか調べて、どうしようもなかった時には帳簿の数量に合わせるために、在庫を秘密の箱にしまったり、そこから出してきたりして調整していたようです。

それってどうなのよ…と思い、会社の税理士に相談したら、金額が多くなければ、実地棚卸した数量で合わせてしまっていいよ、と言われたので、それ以来期末に弥生販売のデータを棚卸調整という伝票で出庫して（実地のほうが数あが多かった場合はマイナスで出庫）実地棚卸した数量にあわせたものを経理に提出していました。
このとき、特に「帳簿上と、実地棚卸でこれだけの差がありました」とは報告していません。（報告を求められたこともありません。）

どうも、今月に10年ぶりの財務調査が入る…という噂を聞いて、不安になってしまいました。
このやり方では、なにか突っ込まれてしまうのでしょうか…

No.1 回答者： eggcurry 回答日時： 2008/03/03 02:03

　税務上は実地棚卸で問題ないと思いますが、なぜ帳簿棚卸との誤差が出るのかは調査検討しておくといいでしょうね。