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遺伝子が、ある遺伝情報を(具体的にはタンパク質を作るためのアミノ酸配列情報を)持っているという意味でしょうか。
encodeは、暗号化する、符号化するということですが、遺伝情報というのは、たとえば、あるアミノ酸が、ある決まった3つ組の塩基配列によって示されるので、まさに暗号化、符号化なわけです。遺伝学では「A遺伝子がBタンパク質をコードする」「gene A codes for protein B」という表現をしますが、この場合のcodeは自動詞で遺伝学でしか使われない特殊な用法です。
それに対して、encodeは一般的な意味の他動詞で、「gene A encodes protein B」なら、一般人にも違和感がないでしょう。
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